在中國古代，《神農本草經》把藥物按效用分為上、中、下三品。《神農本草經集註》中除沿用三品分類外，又創造了按藥物屬性分為草木部、果部、菜部、米谷部的方法。《本草綱目》中采用了自然屬性分類法,將所收藥物分為16綱60類,並以生理生態條件為依據，將草類藥分為山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、石草、苔類等。這是中國古代最完備的分類系統。
醫學上壹般按藥物性能和藥理作用分類，中醫學常按藥物性能分為解表藥、清熱藥、祛風濕藥、理氣藥、補虛藥等類別；現代醫學常按藥理作用分為鎮靜藥、鎮痛藥、強心藥、抗癌藥等。藥用植物學按植物系統分類，則可反映藥用植物的親緣關系，以利形態解剖和成分等方面的研究。中藥鑒定學、藥用植物栽培學常按藥用部分分類，分為根、根莖、皮、葉、花、果實、種子、全草等類，便於藥材特征的鑒別和掌握其栽培特點。
1、開展藥用植物良種選育研究，為種子生產提供良種
藥用植物良種選育工作滯後是整個種子產業的核心問題。沒有良種，種子的標準化問題就無從談起。應鼓勵農業科研單位、大專院校以及種子生產企業開展藥用植物良種選育工作，從種質資源的搜集評價入手，采用混合選擇、集團選擇、個體選擇以及系統選育等常規育種方法，結合雜種優勢利用、不育系利用、輻射育種、航天誘變、倍性育種、分子育種等技術手段，迅速選育出壹批相對純合的骨幹品種，為藥用植物種子產業升級提供品種依托。
2、開展種子加工、包裝和貯藏技術研究，實現標準化品牌化種子生產經營
加工技術的研發將顯著提高種子加工質量，為實現種子產品的標準化、規範化和品牌化奠定基礎，進而打造出壹批以藥用植物種子品牌化經營為主業的龍頭企業，推進藥用植物種子產業化進程 。
3、加強藥用植物種子生理生態研究工作，為種子質量標準制定提供技術支撐
開展藥用植物種子休眠、劣變、萌發等的生理生態研究，參照農作物種子標準，制定藥用植物種子生產技術規程、種子質量分級標準、種子檢驗規程等，通過種子標準化保證種子質量，提高優良品種質量。目前國家已啟動“中藥材種子種苗種植（養殖）標準平臺” 研究項目，由全國多家單位參與實施100 種中藥材種子種苗標準化工程，藥用植物種子質量標準的技術支撐體系將逐步建立。
4、加強中藥材GAP 認證，建立專業化藥用植物種子生產基地
結合中藥材GAP 認證，嚴格考察種子生產基地。要按照集中連片、嚴格隔離的原則，建立穩定的種子生產基地，使種子生產專業化。避免頻繁更換繁育基地，而導致種子生產數量不穩、質量不佳的後果。要有計劃地對基地農戶進行種子法規和繁育知識的培訓，提高基地農戶的繁種水平。同時加強監督和檢驗工作，保證種子生產規範化和標準化。
5、明確管理主體，健全法規，完善藥用植物種子管理機構
政府主管部門統壹思想，提高認識，明確管理主體，把藥用植物種子管理納入到國家種子管理體系中，完善各地種子管理部門職能。在《種子法》和各種中藥法規的基礎上，壹方面，建立藥用植物新品種審定或認定機制，為藥用植物新品種選育搭建平臺；另壹方面，制定切實可行的規章制度來約束藥用植物種子經營行為，為藥用植物種子管理嚴格執法提供依據。