1、開通心竅、宣氣除痰︰對於熱入心包和痰迷心竅而致的神誌昏迷、神明失常、昏懵不語、甚或抽搐等癥，常以菖蒲心竅、宣氣除痰以醒腦清神。可配合遠誌、膽南星、天麻、全蠍、蜈蚣、天竺黃、郁金、茯苓、朱砂、川貝母等同用。因痰濁、氣郁影響心神而致心悸、善忘、驚恐、精神不安，以及癇癥、癲狂等癥，也可用菖蒲宣氣除痰、開心竅以安心神。常配合遠誌、香附、郁金、琥珀、朱砂、僵蠶、全蠍、膽南星、防風、龍齒、茯苓等同用。
2、聰耳目、發聲音：對於痰氣上沖而迷心竅或中風卒倒導致耳聾、目瞀（看不見東西）、目花、舌蹇難言或言語不利等癥，菖蒲有通九竅、出聲音的作用。可配合遠誌、天竺黃、半夏、蟬衣、細辛、陳皮、茯苓、香附、生赭石、檳榔、磁石等同用。此外，菖蒲對中焦濕濁阻滯或氣郁妨中焦而致的胸腹脹悶、腹痛吐瀉、食欲不振等癥，常配合藿香、厚樸、紫蘇、半夏、陳皮、茯苓、焦神等同用。有溫腸胃、宣氣消脹、治心腹痛的作用。
遠誌、菖蒲皆能入心開竅，但遠誌交通心腎而補心益腎，偏用於驚悸、善忘、失眠、失神。菖蒲開竅、宣氣、除痰而益心肝，偏用於痰氣迷心（神昏）、耳聾、目瞀、失語。氣閉於胸膈之間而胸悶脹痛等，用菖蒲開通，甚有效。在使用地黃、玉竹、麥冬、山藥等藥時，佐用壹些菖蒲，可使其宣導而不生滯。用量壹般壹至三錢。