申請農產品收購發票具體流程如下：
1、有收購企業出具證明收購到妳的農產品證明；
2、根據收購證明，到妳所在的村開具所銷農產品的自產證明；
3、根據村證明，到所在鎮（鄉）政府再次證明所銷產品為自產農產品；
4、根據以上各證明，到所在國稅局開具免稅發票；
5、將發票交收購企事業收款。
農產品收購發票是指收購單位向農業生產者個人（不包括從事農產品收購的個體經營者）收購自產農業免稅產品時，由付款方向收款方開具的發票。
法律依據
《中華人民***和國企業所得稅法》
第壹條 在中華人民***和國境內，企業和其他取得收入的組織（以下統稱企業）為企業所得稅的納稅人，依照本法的規定繳納企業所得稅。
個人獨資企業、合夥企業不適用本法。第三條 居民企業應當就其來源於中國境內、境外的所得繳納企業所得稅。
非居民企業在中國境內設立機構、場所的，應當就其所設機構、場所取得的來源於中國境內的所得，以及發生在中國境外但與其所設機構、場所有實際聯系的所得，繳納企業所得稅。
非居民企業在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯系的，應當就其來源於中國境內的所得繳納企業所得稅。第二十七條 企業的下列所得，可以免征、減征企業所得稅：
（壹）從事農、林、牧、漁業項目的所得；
（二）從事國家重點扶持的公***基礎設施項目投資經營的所得；
（三）從事符合條件的環境保護、節能節水項目的所得；
（四）符合條件的技術轉讓所得；
（五）本法第三條第三款規定的所得。