碳水化合物
糖是種子中重要的貯藏物質之壹，在種子萌發時提供胚生長發育所必需的營養和能量。種子中所含的糖可分為可溶性糖和不溶性糖。種子中可溶性糖的種類和含量在種子成熟過程中變化很大，完全成熟的種子含糖量也變化很大，但幾乎不含還原糖(單糖)。但主要以蔗糖狀態存在。單糖在種子中只是壹種過渡形式，在種子成熟過程中迅速轉化為二糖和其他更復雜的糖。不溶性糖主要包括澱粉、纖維素、半纖維素和果膠。雖然纖維素是由葡萄糖組成的，但通常不容易被消化吸收。半纖維素可作為植物的“儲備食物”，種子萌發時可被半纖維素酶水解，被胚吸收。
脂質
大多數種子含有脂類，尤其是油料作物。脂類物質包括脂肪和磷脂。前者作為貯藏物質存在於細胞中，後者是原生質的必要成分。種子中脂肪的質量與脂肪酸的種類有關，如芥菜種子中的亞油酸、芥酸、亞麻酸等。亞油酸和亞麻酸都有降血脂的作用。磷脂是細胞原生質的成分，主要積聚在原生質表面，能形成多種膜。磷脂存在於植物的根、葉、種子等部位，種子中含量較多，壹般達到1.6%-1.7%，胚芽中含量多於胚乳。大豆種子特別富含磷脂，尤其是在胚芽和子葉中。
蛋白質
種子中蛋白質的含量差異很大。豆科種子蛋白質壹般為25%-36%，油料種子為18%-39%，谷類種子壹般小於15%。
蛋白質可分為簡單蛋白質和復雜蛋白質。簡單蛋白質由許多不同的氨基酸組成，而復雜蛋白質由簡單蛋白質和其他物質組成。種子中的蛋白質大部分是簡單蛋白質，只有少數是復合蛋白質。
種子中蛋白質的營養價值不僅取決於種子中蛋白質的含量，還取決於蛋白質的狀態以及組成蛋白質的氨基酸的種類和含量。壹般來說，蛋白質由20多種氨基酸組成，但不同種子之間的蛋白質存在壹些差異。如果蛋白質的組成缺少氨基酸、賴氨酸、蛋氨酸、蘇氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、苯丙氨酸、纈氨酸等八種必需氨基酸，人體就無法利用植物中的蛋白質來重構人體的蛋白質。
維生素
種子中的維生素可分為脂溶性和水溶性。種子中的脂溶性維生素包括維生素A(視黃醇)和維生素E(生殖力粉)，水溶性維生素包括維生素B族的維生素C和維生素B1(硫胺素)、維生素B2(核黃素)、維生素B6(吡哆醇)、維生素PP(煙酸)、泛酸和生物素。
維生素C是葡萄糖強氧化後的衍生物。有些種子沒有維生素C，但種子萌發時能產生維生素C，所以芽中維生素C的含量比較豐富。豆類種子萌發過程中，子葉可以合成維生素C。
油籽中富含維生素E，它是壹種抗氧化劑。
維生素B1、維生素B2和維生素B6在大豆、花生和向日葵等種子中含量豐富。
礦物
種子中礦物質的含量低於生坯。壹般豆類含有較高的礦物質，尤其是大豆，總礦物質含量可高達5%。種子中含有的礦物質元素有磷、鈉、鉀、鈣、鐵、鎂、錳、矽等。