朱砂又名辰砂、朱砂，是應用最廣泛的礦物藥之壹，具有安神解毒、清心鎮驚的作用。含有朱砂的中成藥很多，包括安宮牛黃丸、牛黃清心丸、朱砂安神丸、白子養心丸、天王補心丸、再造丸等。還有很多含朱砂的兒童中成藥，多用於治療兒童高熱、驚風。《中國藥典》(2015版)中含朱砂的兒童中成藥有28種，如方菊至寶散、小兒驚風散、紫雪丹、牛黃千金散、小兒白壽丸、小兒金丹片、蘇祥鄭偉丸、易筋經、小兒琥珀保龍丸等。
1990及以前版本藥典中朱砂每日用量為0.3 1.5g，1995藥典中朱砂用量降為0.1.5g，含量降為原來的三分之壹。雖然藥典大大減少了朱砂的用量，但中成藥中的汞含量仍大大超過歐美標準。其實朱砂大部分存在於硫化汞中，硫化汞是朱砂的主要成分。《中國藥典》規定，朱砂的質量主要以硫化汞的含量為依據，加工品中硫化汞的含量不得低於98%。硫化汞是壹種極難溶的物質，甚至不溶於強酸，在水中的溶解可以忽略不計，服用後幾乎排出體外。朱砂中可溶性汞含量低。可溶性汞不僅有藥理作用，還會引起副作用。在國外，它檢測的是總汞含量，而不是可溶性汞含量，所以在國外含朱砂的中成藥重金屬含量(總汞)幾乎超標，導致這些中成藥出口受到限制。
不同汞化合物的毒性差異很大，單質汞基本無毒；有機汞中的苯基汞分解快，毒性小；汞無機汞中的汞是壹種劇毒物質，會造成腎臟損害；甲基汞易被人體吸收，不易降解，排泄緩慢。容易在體內積累，毒性很大。吃被甲基汞汙染的魚會導致腦損傷。朱砂的主要成分硫化汞是壹種極易溶解的物質，不被吸收就排出體外。朱砂中含有的少量可溶性汞是起藥理作用的成分。研究表明，朱砂的細胞毒性僅為甲基汞的1/5000。因此，用總汞含量來評價含朱砂中成藥的安全性是不合適的。《中國藥典》2010版仍通過測定總金屬含量來評價含朱砂中成藥的安全性，缺乏可靠的參考尺度，需要在進壹步研究的基礎上逐步完善。
選擇合適的炮制方法可以降低朱砂的毒性。朱砂的主要成分硫化汞在高溫下會產生遊離汞，會導致吸入汞的類似毒性。古人強調用水飛法炮制朱砂是非常合理的，因為這樣既可以避免高溫，又可以降低可溶性汞和遊離汞的含量，去除鋇、銻、砷等微量有毒成分，但為了療效可能需要保留少量的可溶性汞。采用球磨和水飛的現代方法處理朱砂，不僅能有效降低朱砂中可溶性汞鹽和遊離汞的含量，還能降低朱砂的毒性，提高工作效率，值得推廣。
朱砂中硫化汞的主要作用是作為可溶性汞的載體，在古代可以比較準確地稱量。然而，隨著科學技術的高度發展，測量工具的精度已經大大提高。所以有人認為，既然硫化汞不被吸收，是無效成分，那麽朱砂中的硫化汞就應該去除，和可溶性汞壹起入藥。當然，這個觀點值得討論。
朱砂的“無毒”與“有毒”之爭，已經發展為“宜用”與“禁用”。甚至有人質疑方中朱砂的必要性，也有學者認為朱砂作為內服藥應該淘汰，只保留為外用藥。但動物學實驗研究表明，朱砂安神丸與不含朱砂的安神丸、安宮牛黃丸、不含朱砂的安宮牛黃丸的療效是不同的，也就是說，中成藥去除朱砂後療效可能會大打折扣。當然，安宮牛黃丸能否去除朱砂，還需要更多的實驗依據。
有動物實驗發現，朱砂的急性毒性劑量為24g·kg-1+0(約為人體體表面積日劑量的300倍)，對小鼠無明顯毒性反應，說明朱砂單用是安全的。但在朱砂長期毒性實驗中，給大鼠0.1g·kg-1d-1 3個月。實驗組腎臟汞含量明顯高於空白組，血液生化指標異常。腎臟和肝臟均可出現與朱砂毒性相關的病理改變，其中腎臟對朱砂更為敏感，且在神經系統中具有相似的藥理作用。以上藥理實驗表明，目前含朱砂的中成藥短期使用是安全的，但長期過量可能導致藥物蓄積，影響肝腎功能。
在壹些文獻中是這樣描述的:朱砂在厭氧硫的條件下，在37℃的黑暗環境中與含甲基的物質相遇，能產生甲基汞，而人的腸道就有這個條件。這種說法太武斷了。腸道細菌能將甲基汞代謝為無機汞，但沒有證據表明朱砂等無機汞能被腸道細菌轉化為甲基汞。
諸宸認為，大多數中藥都是由包含幾十種草藥的方劑治療的，如此復雜的藥物系統給現代藥理學(毒理學)評價帶來了巨大的挑戰。如果把由多種成分組成的方劑看作壹個整體，首先要研究其在人體內的整體生物效應(毒性)，明確療效後再看局部。因此，應將含朱砂的復方制劑視為壹個整體，用現代醫學手段研究其藥理毒理作用和機制，不能僅以朱砂(汞)含量來評價含朱砂中成藥的藥理作用和毒性。
簡而言之，朱砂的主要成分硫化汞不被人體吸收，少量的可溶性汞既是有效成分又是有毒成分。目前的研究表明，短期使用含朱砂的中成藥是安全的，不必談朱砂變色，就像對乙酰氨基酚會引起肝毒性和死亡，但仍是臨床常用的解熱鎮痛藥。關鍵在於合理使用。當然，也要註意，過量或長期使用可引起累積性汞中毒，尤其是肝腎功能不全的患者，更容易中毒。《中國藥典》寫明“本品有毒，不宜大量或少量長期服用”。
服用含朱砂的中成藥時，註意不要吃含碘的食物，如紫菜、海苔等，避免食鹽過量，因為會增加汞的吸收而得汞中毒。