木香的毒性比馬兜鈴低，有神經節阻斷作用，可出現箭毒樣作用，並對腎臟產生毒害。臨床中常見的不良反應為：
1、對泌尿系統的影響：全身浮腫，少尿，無尿，腹水，血尿素氮、血肌酐升高，並出現蛋白尿、血尿等。
2、對消化系統的影響：表現為惡心、嘔吐、食欲不振、腹脹、腹瀉或便秘、口幹等。
3、對神經系統的影響：表現為頭暈、全身痙攣、瞳孔先大後小、肌肉松弛，甚至嚴重者致呼吸抑制，最後心跳停止。
二、木香的使用禁忌
1、嚴格掌握適應證，陰虛火旺者慎用。陰虛津液不足者慎服。
2、嚴格掌握木香與西藥的配伍禁忌，不宜與降血壓藥物合用，木香與降血壓藥物具有協同作用，易使血壓降的過快。
3、本品古本草已記載有毒，過量服用會出現不良反應，故應嚴格掌握劑量，依據病情及個體劑量化，禁止超劑量應用。
4、如出現不良反應，早期宜催吐，用鞣酸液洗胃，靜脈輸液同時給予維生素B，或大量飲濃茶，口服食醋等。中藥治療：甘草、綠豆30g，水煎服；或車前子.30g，大黃12g(後下)，大青葉15g，枳殼9g，厚樸9g，甘草6g，水煎服。
5、需長期使用木香及其制劑時，應在醫師指導下用藥，以確保用藥安全、有效。
三、木香不能和哪些中藥壹起用
木香中藥配伍禁忌：因為木香不在中藥十八反十九畏中，所以木香基本上可以和其他藥物配伍。
木香中西藥配伍禁忌：木香等對腸道有明顯抑制作用，可使地高辛、維生素Bi2等藥物吸收增加，排泄減慢，與這些藥物同用時宜減小劑量。
四、中藥木香用藥禁忌
1、辛溫苦燥，有傷津耗液之弊。凡陰虛、血燥、津液不足者皆不相宜。自汗、盜汗、遺精者禁大量久服；小便不利、大便幹燥者忌大量長期服用。
2、行氣之力較強，氣虛患者，癥見氣短、乏力等忌大量長期服用。
3、大劑量服用，可以抑制心臟功能，因此心功能不全患者不宜大劑量服用。
4、有升高血壓的作用，高血壓病患者慎用。
5、膽道蛔蟲病患者忌單獨應用，因其有松弛膽道括約肌的作用，可能引起蛔蟲進入膽道。