截至2022年3月，《神農本草經》作者學者依然在考據中。
《神農本草經》在《漢書·藝文誌》中沒有著錄，只是在梁代阮孝緒的《七錄》和《隋書·經籍誌》中才開始記載，但均沒有寫作年代和作者姓名，因此歷代學者對此作了許多研究和推斷：?
壹、神農氏說
東漢鄭玄在《〈周禮〉鄭註》中認為此書是神農氏時代的作品，由神農氏所作。
二、黃帝說
晉代皇甫謐在《帝王世紀》中曰：＂黃帝使歧伯嘗味本草，定《本草經》，造醫方以療眾疾＂，認為成於黃帝時代，由黃帝所作。但據考古研究認為神農、黃帝時代尚無文字。因此以上兩說不能憑信。
三、漢代說
梁代陶弘景根據書中所載藥物產地，首先提出了此書為漢人所撰的觀點。他在《本草經集註·序》中說：＂今之所存，有此四卷，是其本經，所出郡縣，乃後漢時制，疑仲景、元化（即華佗）等所記。＂又說：＂本草時月，皆在建寅歲首，則從漢太初後所記也。＂
陶氏認為書中所記藥物產地，多為東漢時所設，據此推斷此書成於東漢，而作者可能是當時名醫張仲景或華佗。
《神農本草經》的主要內容
《神農本草經》系統地總結了古代醫家等各方面的用藥經驗，對已經掌握的藥物知識進行了壹次全面而系統的整理。全書***計收錄了365種藥物，正好與壹年365日相合，這倒並非巧合，而是作者有意為之的結果。
事實上，當時掌握的藥物數量已經遠超此數，但由於受到術數思想的影響，所以從中選取了365種藥物，“法三百六十五度，壹度應壹日，以成壹歲”。
《神農本草經》不止進行了藥物的搜集工作，還有意識地對所收藥物進行了分門別類工作，將365種藥物按照上、中、下分為三類，這被稱為“三品分類法”。分類的依據主要是藥物的性能功效。