中草藥采收後，經產地加工幹燥即可包裝調運或貯藏。為了避免在貯藏期間產品回潮、發熱、黴爛、蟲蛀等而引起變質，故在中草藥貯藏時，最好選擇高爽、幹燥、空氣流通的房間或倉庫來盛存。由於不同中草藥的藥性不同，貯藏保存的方法也不壹樣。比如對難以保存的藥材及少數貴重藥材，如人參、枸杞、三七、天麻、西紅花等，在設備條件允許下可置低溫（－5℃以下）進行冷藏處理。為減少和避免中草藥的變質現象，有時可利用兩種藥材同處貯藏（即混藏法），如澤瀉與丹皮同放在壹處，澤瀉不但不易蟲蛀，就連丹皮也不易變質。還可利用米糠或谷糠來貯藏藥材。如於5～6月間在席上攤放已幹燥的谷糠或米糠，將藥材埋入糠中，也可以將藥材與糠壹層層間隔存放。例如白芷、黨參等根類藥材利用此法貯藏效果很好。此外，按藥材的不同性質可進行分類貯藏。如屬於肉質、粉性大、甜香的藥材易生蟲，應放在熏庫中貯藏，如瓜蔞等。而易黴藥材，如遠誌、半夏、熟地等應及時通風，日曬或石灰吸潮。對於含大量油質及芳香性藥材，如杏仁、薄菏等應放在缸或壇子裏密閉貯藏。對種子類藥材，如扁豆、薏苡等保存則要註意防鼠。
貯藏藥材常用的容器有缸、壇或甕、木板箱、麻袋等。在藥材貯藏期間要定期檢查，適當晾曬。在黴雨季節特別要註意防潮。發現受潮後要及時幹燥。如發現生蟲應迅速撲滅，以免蔓延，除蟲方法可用火烘或硫磺煙熏。若用劇毒藥物來防治應專門保管，以防發生事故。關於留供繁殖栽培生產作種用的中草藥種子之貯藏，根據各種子的萌發能力，可用幹藏法和濕藏法貯藏。幹藏法是將種子陰幹或曬幹後，置通風幹燥處貯藏，如荊芥、薄荷、穿心蓮、黃芪等。容易失去生活力和必須經層積處理後才能通過休眠的種子，可將種子與濕潤的砂土（1∶3）混和，盛入木箱內，置低溫陰涼處貯藏或在室外挖窖層積貯藏，如人參、西洋參、黃連、山茱萸等。壽命短或稍幹即易喪失發芽力的種子，應隨采隨播，不宜貯藏。