瑪咖屬於獨行菜屬，在植物形態特征上與其他獨行菜屬植物有很多相似之處。獨行菜屬約有175種，廣泛分布於世界各地。為壹年生至多年生草本或半灌木，常具單毛、腺毛和柱狀毛；莖單壹或多數，分枝。葉草質至紙質，線形鉆形至寬橢圓形，全緣，鋸齒至羽狀深裂，具葉柄，或基部具深柄。總狀花序頂生和腋生；萼片長圓形或線狀披針形，稍凹，不在基部囊狀，具白色或紅色邊緣；花瓣白色，少數為粉紅色或淡黃，線形至匙形，短於萼片，有時退化或無；雄蕊6，通常退化成2或4枚，基部之間有微小的蜜腺；花柱短或無，柱頭頭狀，有時稍半裂；子房通常有兩個胚珠。莢果橢圓形，倒卵形，圓形或卵圓形，扁平，有裂紋，隔膜較窄，花瓣上有龍骨狀突起，或頂端有翅。種子卵形或橢圓形，無翅或具翅；子葉靠著胚根，很少靠著胚根。
瑪咖是黍的壹種。其地下部分的塊狀根莖長10 ~ 14厘米，最寬處直徑3 ~ 5厘米，周長15厘米；形似蘿蔔，自然界中發現的顏色有黃色和紫色兩種，質地致密，有壹定硬度。植物的須根呈白色，長15 cm，大量向四面八方延伸。葉長20至23厘米，有齒痕，葉二回羽狀分裂，長8至13厘米，寬3厘米，垂直於地面生長。葉柄非常粗壯，長度達到10 cm以上，二級莖形成分枝，長度為10 ~ 16cm。
瑪咖是獨行菜屬中唯壹下胚軸較厚的物種。下胚軸與根融合形成壹個粗糙的倒梨形根。瑪咖根的形狀和體積差異較大，如三角形、橢圓形或長方形。瑪咖的下胚軸可能是金黃色或淡黃、紅色、紫色、藍色、黑色或綠色。每個菌株被認為是壹個獨特的遺傳品種。特殊性狀(主要指根的顏色)會由特殊的人根據他們不同的營養和治療特點來培養。在秘魯，淡黃色的根最常見，形狀和味道最好。
紅色、紫色和黑色等深色馬卡根含碘較多。黑瑪咖被認為是力量和能量的代表，它的味道既甜又微苦。紅色瑪咖很受歡迎，臨床證據表明紅色可以治療小鼠前列腺肥大。