生產基地的選擇是指在中藥材開發初期，通過對產地生態環境條件的調查研究和現場考查，並對產地環境質量現狀做出合理的判斷。前面說過，中藥材生產需要在適宜的環境條件下進行。生態環境受到汙染、破壞，就會影響藥材的數量和品質，因此產地生態環境條件是影響綠色中藥材產品的主要因素之壹。通過藥材生產基地的選擇，可以較全面地、深入地了解產地周圍的環境質量現狀，為建立綠色中藥材產地提供科學的決策依據，為保證中藥材質量提供最基礎的保障。此外，通過生產基地的選擇，可以減少許多不必要的環境監測，從而提高工作效率、減輕企業的經濟負擔。
中藥材生產基地選擇時調查研究和現場考查主要內容包括：①自然環境特征，即氣象、地貌、土壤肥力、水文、植被等。②產地社會、人群及地方病的調查。③收集產地土壤、水體和大氣的有關原始監測資料。④農業耕作制度及作物栽培情況，包括三年來化肥農藥使用情況。⑤產地及產地周圍汙染源調查，包括工業汙染源、生活汙染源及交通汙染調查等。
中藥材產地選擇的要求，主要是產地的生態環境，包括大氣、水、土壤等。按照GAP指導原則，綠色中藥材產地應選擇在空氣清新、水質純凈、土壤未受汙染、農業生態環境質量良好的地區。即必須符合以下條件：
（1）大氣 產地及產地周圍不得有大氣汙染，特別是上風口不得有汙染源，如化工廠，鋼鐵廠，水泥廠等，不得有有毒有害氣體排放，也不得有煙塵和粉塵。
（2）水 生產用水不能含有汙染物，特別是重金屬和有毒有害物質，如汞、鉛、鉻、鎘、酚、苯、氰等。要遠離對水造成汙染的工廠、礦山，產地應位於地表水、地下水的上遊。盡量避開某些因地質形成原因而致使水中有害物質超標（如氟）的地區。
（3）土壤 土壤元素背景值於正常範圍，符合綠色食品的土壤質量要求。產地周圍沒有金屬或非金屬礦山，並未受到人為汙染。土壤中無農藥殘留。基地距主幹公路線50～100米以上。土壤肥力符合中藥材生產要求。