胃食管反流病主要采用藥物治療，主要治療藥物包括:
根據中醫理論，胃食管反流病應屬於反酸、苦吐、吞酸、嘈雜、食管膿腫等範疇。，又可分為肝胃郁熱證、膽熱犯胃證、氣滯痰凝證、瘀血阻絡證、中氣不足證、脾虛濕熱證等。中醫治療要根據證型，主要包括疏肝清熱、和胃理氣。
左金丸由黃連和吳茱萸組成。方中重用味苦性寒的黃連為君。壹個人瀉肝火，肝火清，不逆胃。再者，黃連能清胃火，胃火壹降，氣就降了；吳茱萸辛熱少，生津止渴，能幫助黃連和胃減少逆流，其辛熱有很強的通便作用。在大劑量的寒涼藥物中，既不會助熱，又能使肝氣達化，緩解郁結。還能控制黃連的苦寒，從而瀉火不降溫。兩藥合用，具有瀉火、疏肝、和胃、止痛的作用。可用於治療胃脘痛、脅肋脹滿、煩躁不安、吞酸、胃脘嘈雜、嘔吐酸水、口苦、惡熱、舌紅苔黃、脈細或數。肝火犯胃，肝絡不和，引起胃痛，煩躁，口幹口苦，嘔吐，噯氣，舌紅苔黃，脈數。
現代藥理研究證實，左金丸具有抑制胃腸運動、胃排空和小腸推進的作用。具有抑制胃酸分泌，抑制胃液分泌，減少胃液和總酸排出量，可逆地拮抗胃泌素刺激的胃酸分泌的作用；具有抗潰瘍作用，可提高潰瘍愈合率，降低潰瘍指數。此外，左金丸還有鎮痛作用。適用於急慢性胃炎、胃及十二指腸潰瘍、胃食管反流病的輔助治療。
疏肝健胃丸由香附(醋制)、柴胡(醋制)、枳殼、厚樸(姜制)、檳榔、陳皮、青皮(醋制)、牽牛子(豆蔻炒)、雞內金(炒)、檀香、橙子、白芍(麩炒)、延胡索(醋制)組成，方中香附、柴胡具有疏肝理氣的功效枳殼、厚樸、檳榔行氣，祛濕飽脹，青皮、青皮疏肝健脾，和胃止嘔，散結消積。牽牛花發作，導致停滯；豆蔻、雞內金和消食，檀香、香櫞理氣和消食，散結消腫；白芍養血柔肝，急用止痛；延胡索、五靈脂具有活血化瘀、行氣止痛的作用，配伍為佐藥。諸藥合用，具有疏肝解郁、導滯和中的功效。用於肝侵脾胃，氣機不利所致的脘腹脹痛，兩脅絞痛，噯氣惡心，食欲不振，大便不暢，苔膩脈沈者；肝胃不和引起的胃脘、胸脅脹滿，情誌失調加重，或口苦、心煩、煩躁、嘆氣、舌苔薄白或黃、脈細；肝胃不和，則吞酸，脘腹灼痛，噯氣呃逆，脈細。
現代藥理研究證實，疏肝健胃丸具有抗胃潰瘍作用，可降低胃潰瘍和應激性胃潰瘍的潰瘍指數，降低胃潰瘍的發生率。可調節胃腸激素，降低血清血管活性腸肽，升高血漿胃動素和血清胃泌素，改善反流性食管炎癥狀。具有利膽作用，可增加膽汁分泌；促進膽汁分泌，降低膽固醇含量，增加膽酸含量；促進膽固醇結石和膽色素結石的溶解，抑制新結石的形成。適用於慢性胃炎、膽囊炎、消化不良、反流性食管炎和消化性潰瘍的輔助治療。
四方胃片由海螵蛸、浙貝母、吳茱萸(鹽水制)、川楝子(去皮酒炒)、延胡索(醋制)、黃連、杏仁、柿霜和沈香組成。方中海螵蛸為君藥，能制酸止痛，收斂止血。浙貝母具有化痰散結、解郁瀉熱的作用，配合海螵蛸增強制酸止痛能力；吳茱萸解苦，疏肝和胃，溫中散寒；川楝子、延胡索具有疏肝活血、行氣止痛的功效，合為臣藥。黃連苦寒，清熱瀉火，吳茱萸瀉肝胃酸；苦杏仁苦寒散，宣肺理氣，疏肝解郁；柿霜味甘涼，降胃氣，潤燥，以控制諸藥之燥；沈香性硬，性溫止嘔，行氣止痛，四藥合為佐藥。諸藥合用，具有調理肝胃、抑酸止痛的功效。用於肝胃不和引起的胃脘脹痛或脹滿、口苦口幹、食欲不振、大便不規則、舌紅、脈細；肝胃不和引起的胸脘痞、胸膈灼痛、反酸、口苦、肋痞脹氣、噯氣、咽幹、食欲不振、苔薄膩、脈細。
現代藥理研究證實，四方胃片具有抗潰瘍作用，可降低十二指腸潰瘍的潰瘍指數，降低應激性胃潰瘍的潰瘍指數，縮小胃潰瘍的潰瘍面積，促進潰瘍的愈合。能抑制胃酸分泌，減少胃液分泌，降低胃液中的總酸和胃蛋白酶；具有抑制腸運動、抑制十二指腸自發活動、拮抗回腸痙攣性收縮的作用；它還具有止痛作用。適用於慢性胃炎、胃及十二指腸潰瘍、反流性食管炎的輔助治療。
最後，以上三種中成藥可用於胃食管反流病的輔助治療。如左金丸通過降氣和胃抑制胃氣上行，疏肝健胃丸通過疏肝利膽緩解膽汁反流引起的癥狀，四方胃片通過健脾和胃改善脾胃功能，促進胃排空。這些中成藥可以配合西藥治療胃食管反流病，特別是對難治性胃食管反流病，可以減少長期服用西藥引起的不良反應。