兩者使用的制作原料不同。
大曲以小麥為主要原料，有時加少量豌豆。壹般先將原料粉碎、蒸熟，制成曲塊（磚形），經自然發酵而成。用大曲制成的白酒有特殊的曲香，酒味醇和。但生產大曲酒，通常用曲量大，耗糧多，出酒率較低，生產周期較長，因此用大曲生產白酒多限於壹般質量高的產品。大曲中主要的微生物是曲黴（黃曲黴和少數黑曲黴）和醋酸菌、乳酸菌以及酵母。
小曲是米粉和米糠並添加中草藥制成，形狀較小，有圓餅形式圓球形，也有正方形或長方形。南方各省生產的白酒約有壹半是小曲灑。小曲酒的香氣清談，屆米香型。用小曲酗酒，用曲少，出酒率高，除了釀造白酒外，還能釀造黃酒。生產紹興酒用的酒藥，實際上也是小曲的壹種。
什麽是曲酒
曲酒就是在傳統白酒釀造過程中，混合在糧食中的發酵劑，曲藥中富含各種微生物以及微生物的代謝產物，各種微生物的聯合作用能夠將糧食轉化，經蒸餾後就是白酒。
曲酒指的是釀造工藝，曲指的是釀造過程中的糧化發酵劑，壹般是小麥制成，又可分為大曲、小曲、麩曲，和香型並沒有直接關系，幾大名酒壹般都屬於大曲酒。原始的酒曲是發黴或發芽的谷物，人們加以改良，就制成了適於釀酒的酒曲。由於所采用的原料及制作方法不同，生產地區的自然條件有異，酒曲的品種豐富多彩。
現在除名酒外，純粹的大曲酒不容易買到，壹般都是采用固液結合法生產的新型白酒。