經絡系統在生理功能、病理變化、診斷和治療方面都得到了廣泛的應用。正如《靈樞·經脈》中所載述：“經脈者，所以決死生，處百病。調虛實，不可不通。”
由此道出十二經脈在維持人體生命活動，調整所有疾病，調整機體虛實等方面，具有的意義極為重要。十二經脈者，人之所以生，病之所以成；人之所以治，病之所以起；學之所始，工之所止也。經絡的作用可包括以下幾個方面。
(1)經絡的生理功能經絡的生理功能主要表現為保衛機體，抵抗病邪，對來自機體的內外環境的刺激，通過經絡體系的應答反應，以維持和協調機體內各臟腑器官之間的聯系，以保持整個機體適應和平衡外在的環境。
經絡是機體內氣血運行的重要通路，經絡系統是所有臟腑器官組織所需營養物質的運送通道。氣血是運送養料的物質基礎，氣血的運行通過經絡來彌散。經絡能運行氣血、營養全身。
(2)經絡的病理作用①表現癥狀：經絡是人體內臟與體表聯系的渠道，從皮毛侵入人體的病邪，首先影響經脈，進而傳入臟腑。反之，經絡形態上的完整性受到損害或其運行氣血的功能失調，或保衛機體的防禦功能出現障礙。內臟發生病變，同樣也能通過經絡在體表有所反映。在體表出現所有反應，如壓痛、結節、皮膚色澤、溫度和導電量的改變。中醫學中的“痛則不通，通則不痛”的病理學說，就是根據經絡及其運行氣血功能失常，氣滯血瘀時出現的病理反應而總結出的規律。臨床辨證，可根據經脈循行部位和臟腑的生理病理特點，確定其征候屬於某經、某臟、某腑的病變。如頭痛，因部位不同，而選經配穴也不同，足陽明胃經行於前額，故前額痛稱為“陽明頭痛”，加以治療時取陽明經穴；少陽經脈循行於頭側部，故偏頭痛稱為“少陽頭痛”，加以治療時取少陽經穴；厥陰經脈會於頭頂，故頭頂痛稱為“厥陰頭痛”，加以治療時取厥陰經穴；太陽經脈循行於頭枕部，故枕後痛稱為“太陽頭痛”，加以治療時取太陽經穴。經絡辨證主要是明確病位，若要識別寒熱虛實病情，則需要結合運用八綱和臟腑辨證等方法，以次對疾病作出更為確切的診斷，從而使按壓治療取得更好的效果。
②傳遞病因：病邪侵犯機體時，常先作用於皮膚外部如毛囊孔、汗腺等，倘若留而不去，則沿經絡向裏侵入，由表及裏，而至臟腑。反之，倘若疾病起於臟腑，也可以由裏及表，而在該臟腑的相應部位及其相應的經脈穴位處出現異常變化，表現在四肢、軀體、皮膚出現壓痛敏感點、條索狀物、結節狀物、低電阻點等。
(3)經絡辨病原理人體十二經脈，內聯臟腑，外絡肢體，人體患病後，不管是外感，還是內傷，對經絡系統都會有影響；十二經征候就是從十二經脈的病理特點和發病機理總結出來的。其征候有三個特點：壹是臟腑病變與所屬經脈的癥狀相兼，如心經征候可見心胸疼痛和上臂內側痛；二為經氣失常出現的癥狀，如膀胱經受邪頭項強痛、寒熱往來等現象；三是數經合病，如肝和脾經同時患病，胸脅脹滿、嘔吐、泄瀉等癥狀。在臨床可根據上述特點，推斷疾病部位，進而根據其病變所在臟腑經脈選方配穴。
奇經八脈是十二經脈以外的八條經脈，具有聯系十二經脈、調節人體陰陽和營衛氣血的作用。在八脈中，督、任、沖脈同起於“胞中”，壹源而三岐。督脈行於背部，任、沖二脈行於腹部。督脈、任脈是全身陰陽各經的總管，而沖脈通行上下，其脈氣從頭面灌註諸陽，在下肢滲入三陰，來自十二經脈，五臟六腑之氣血均容納於沖脈，故言其為“十二經脈之海”、“五臟六腑之海”。帶脈狀如腰帶，約束諸經，作用在於溝通腰腹部的經脈．陰陽蹺脈互相調節，壹動壹靜，對身體兩側的陰陽經脈起管理作用，使關節靈活使所有活動協調壹致。陰陽維脈作用在於維絡表裏，參與調節十二經脈氣血。當十二經脈缺乏氣血時，則將氣血溢入十二經脈；當其氣血有余時，又能將氣血蓄於陰陽維脈。八脈***同從上下內外將經絡的縱橫聯系加強，使前後左右的經脈均能協調統壹，其中督、任、沖、帶四脈與生殖系統疾病的關系甚密。
因為經脈有壹定的循行部位，十二經脈又和臟腑有絡屬關系。因此，可根據征候及其出現的部位，作為診斷疾病的依據。此外，在經脈循行路徑或穴位上出現壓痛或別的異常反應，也是診斷疾病的主要依據。如發生急性闌尾炎時在右下腹部和闌尾穴處有壓痛點。冠心病患者，常在其心俞、厥陰俞、神堂穴處有壓痛敏感點。按摩治療時，可以根據某壹經或某壹臟腑的病變，而在病變的鄰近部位，或相應經脈循行的遠隔部位上取穴，按摩經穴臨床上遵循的“經脈所過，主治所及”的治療原則，就是根據經絡在治療方面的作用所總結出的規律。經穴按摩還可以運用針灸的穴位進行治療，據古中醫文獻中記載的“肚腹三裏留(肚腹疼痛等取胃經足三裏穴)，腰背委中求(腰背部疼痛取膀胱經委中穴)，頭項尋列缺(頸項部疼痛取肺經列缺穴)，面口合谷收(頭痛、牙痛等取大腸經合谷穴)”，用以上方法按摩經穴治療疾病被臨床證明是切實可行的。近年來風靡日本的指壓法(用手按摩穴位)既是由中國的穴位按摩法演變而來的。