1.預防醫學學院:該學院成立於1976，是中國衛生部指定的國家預防醫學教育、健康監測和疾病控制中心。主要開展公共衛生、流行病學、營養學、兒童保健等領域的教學和研究工作。
2.基礎醫學院:該學院成立於1958，是國家重點基礎醫學教育和科研機構之壹，具有完整的基礎醫學學科體系，包括解剖學、組織學、生理學、生物化學、病理學等全日制本科和研究生教育。
3.臨床醫學院:該學院創建於1958，是國家臨床醫學試點學院，遼寧省高水平醫學院校。學院的教學、診斷、治療和科研工作具有較高的水平和聲譽，在許多領域處於國內領先水平。
4.口腔醫學院:學院成立於1984，是全國和黑龍江省唯壹壹所口腔醫學領域的教育科研機構，擁有口腔醫學所有臨床學科，培養口腔醫學博士、碩士研究生和本科生。
5.護理學院:學院成立於2002年，是國家批準的碩士學位授權單位，是全國首批護理碩士學位授權單位之壹。學院開設基礎護理課程、臨床護理課程等多門課程，培養護理專業人才。
6.藥學院:創建於1965，該學院是全國優秀藥學院之壹，黑龍江省高水平大學建設重點學院。開設藥學、中藥學、藥物分析、藥物制劑等課程，培養藥學專業人才。
7.繼續教育學院:學院成立於1999，主要從事成人高等教育、繼續教育和社會培訓。學院負責向社會提供醫學、藥學、護理、預防醫學等專業技能培訓。
8.基礎實驗教學中心:中心擁有現代化、多功能、高精度的實驗室設施，開展了大量的實驗教學和科研工作，是牡丹江醫學院各學院基礎實驗教學、創新人才培養和科研合作的重要支撐。