中草藥的種類很多，根據近年的初步統計，總數約在八千種左右，常用中草藥亦有700種左右。如此繁多的種類必須按照壹定的系統，分門別類，才便於學習、研究和應用。藥物分類的方法是根據人們對於藥物認識的逐漸深化而不斷發展的。例如中國最早的藥書——《神農本草經》把當時常用的365種藥物按照毒性強弱和用藥目的不同分成上、中、下三品：上品是延年益壽藥，無毒，多服久服不傷人，中品是防病補虛藥，有毒無毒，根據用量用法而定；下品是治病愈疾的藥物，多有毒性，不可久服。這種分類方法簡單而粗糙，其中有些藥物的分類也不壹定恰當。但當時，可能在避免因用錯藥物而中毒的問題上是起到了壹定作用的。梁代陶弘景編《本草經集註》時，增藥365種，分為玉石、草、木、果菜、米食、有名未用六類，每類又各分上、中、下三品，這是根據藥物自然屬性進行分類的開端，但仍較粗糙。直到明代李時珍編《本草綱目》壹書，分類方法始有重大的發展。他采用了根據以前本草的分類方法略加修改，把藥物分為水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、蟲、鱗、介、禽、獸、人等十六部外，又把各部的藥物按照其生態及性質分為六十類。例如草部分為山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、雜草等。而且他還往往把親緣相近或相同科屬的植物排列在壹起，例如草部之四、隰草類中的53種藥物中，有21種屬於菊科，而且其中10種是連排在壹起的。這種分類方法有助於藥材原植物（或動物）的辨認與采收，對於澄清當時許多藥材的混亂情況起了很大作用。現代記載中草藥的教科書所采用的分類方法，根據其目的與重點而有不同，主要有下列四種：
1．按藥物功能分類——如解毒藥、清熱藥、理氣藥、活血化瘀藥等。
2．按藥用部分分類——如根類、葉類、花類、皮類等。
3．按有效成分分類——如含生物堿的中草藥、含揮發油的中草藥、含甙類的中草藥等。
4．按自然屬性和親緣關系分類——先把中草藥分為植物藥、動物藥和礦物藥。動植物藥材再根據其原植物原動物的親緣關系來分類和排列次序。如麻黃科、木蘭科、毛莨科等等。
上述各種分類方法各有優缺點，究竟以采用哪壹種分類方法比較適宜，主要取決於我們的目的和要求。例如按藥物功能分類，有利於學習和研究中草藥的作用和用途，按藥用部分分類便於學習和比較各類藥材的外部形態和內部構造，因而有利於藥材的性狀鑒定和顯微鑒定；按有效成分分類有利於學習和研究中草藥的有效成分及其化學鑒定。采用按藥材自然屬性和親緣關系分類的方法，這是由於同科屬的中草藥在外部形態，內部構造、化學成分和醫療應用等方面往往有很多相似之處。采用這種分類方法不但便於學習和研究這些***同點，也便於比較它們的特異點，以揭示其規律性，這樣，既有利於中草藥的鑒定也有利於從同科屬動植物中尋找含有相同或類似成分的動植物，以擴大藥物資源。