對於生殖道支原體感染的治療，壹定要權衡利弊，謹慎進行，不能過於積極。對被感染的配偶或性伴侶的治療也要慎重，關鍵是針對其他可能共存的性傳播疾病。有很多支原體感染者長期用抗生素治療，但支原體檢測仍呈陽性，出現了很多新的不適。原因極其復雜，如支原體耐藥、檢測錯誤或試劑不合格、雙重感染(長期使用抗生素易發生真菌等不敏感細菌感染)、心理因素等。
壹般來說，對衣原體感染有效的藥物，對支原體感染也有效。必要時可用四環素類藥物(常用四環素、多西環素、米諾環素)、大環內酯類(常用紅黴素、琥紅黴素、羅紅黴素、阿奇黴素)、喹諾酮類(常用氧氟沙星、左氧氟沙星)、大觀黴素、克林黴素、克拉黴素治療生殖道支原體感染，療程1 ~ 2周。紅黴素對人型支原體無效，克林黴素對解脲支原體無效。對於女性盆腔炎，應考慮多因素，治療應包括針對淋球菌、沙眼衣原體、人型支原體和厭氧菌的抗生素。國外推薦頭孢西丁+多西環素或克拉黴素+慶大黴素的聯合治療方案。應使用米諾環素治療可能由支原體感染引起的前列腺炎，因為米諾環素可通過前列腺包膜，達到殺滅前列腺內支原體所需的藥物濃度。值得壹提的是，前列腺炎病因復雜，抗生素治療效果不壹定好。需要綜合治療，最好聽從泌尿科醫生的建議。
近年來，支原體對抗生素的耐藥問題備受關註，濫用抗生素可能是導致支原體耐藥的重要因素。有報道解脲支原體對四環素的耐藥率為10% ~ 20.6%，對多西環素的耐藥率為8% ~ 27.5%，對紅黴素的耐藥率為10% ~ 52.4%。解脲支原體和人型支原體對氧氟沙星耐藥，占近20%。此外，對羅紅黴素和阿奇黴素耐藥的支原體也有報道。由於支原體對抗生素的耐藥性呈上升趨勢，臨床用藥應引起重視。有專家認為，在支原體感染的治療中，為了減少或防止耐藥菌株的出現，宜使用2 ~ 3種不同類型的抗生素進行聯合治療。同時也可以給予中藥輔助治療，但目前還沒有發現治療支原體的特效中藥。
總之，生殖道支原體感染是目前醫學界有爭議的問題。支原體是否是尿道炎、前列腺炎、盆腔炎的病因尚未得到證實。生殖道支原體感染不僅存在於性病患者和高危人群中，也存在於健康人群(包括嬰兒)中。所以，生殖支原體不壹定是性病，也不壹定都要治療。生殖道支原體感染的治療要視具體情況而定，不宜操之過急。正常人可以有支原體和衣原體寄生蟲。如果所有的支原體和衣原體都被發現需要治療，那麽根據上面的統計，超過30%的男性和超過40%的女性需要治療。這是幾億人。有網友表示，如果不需要治療，是不是意味著要隨身帶著炸彈，因為這些微生物隨時都有可能生病，為什麽不在生病前把它們從體內清除掉呢？事實上，我們的身體和生活環境中充滿了微生物。如果妳學過微生物學，妳就會知道，人體內寄生著大量的微生物，其中很多是病原微生物。但是為什麽很多人健康正常，沒有生病呢？這與人自身的抵抗力和免疫力有關。還與寄生在人體內的微生物形成的“菌群平衡”有關。我們有壹個良好的免疫系統，保護我們的身體免受各種微生物的侵害，維護我們的健康。即使是少數高致病微生物(傳染病)，也不是每個人感染後都會生病。也就是壹般情況下，只有少數生活在相同環境下的人才會生病。往往他們的體能會下降，同時抵抗力也會很低。近年來，支原體和衣原體已成為引起非淋菌性尿道炎的重要因素。在性障礙人群中，由於他們往往性交頻率高，性器官長期處於充血狀態。這使得他們的性器官對病原體的抵抗力下降，比正常人更容易發生支原體、衣原體感染和非淋菌性尿道炎。如果真的有可能“在生病之前把它從身體裏清除掉”，那當然很好，但大多數情況下，這是不可能的。寄生在人體上的各種微生物可以說是伴隨著人類的壹生。支原體和衣原體可以寄生在正常人體內，它們與許多其他寄生微生物相互制約(爭取寄生環境的'資源')達到壹種平衡，使彼此的數量得到控制，不會對人體產生影響，醫學上稱之為“菌群平衡”。如果濫用抗生素，原有的“菌群平衡”會被破壞，但某些微生物的數量會急劇增加，導致其他感染。在壹些醫院，由於利益或專業知識的影響，濫用抗生素的情況時有發生。但是壹個有專業知識和道德的醫生不應該這麽做。如果有癥狀，壹定要去正規醫院治療；但如果沒有癥狀，就不需要治療。這些所謂的“治療”，往往只會增加妳的心理負擔，增加妳不必要的開支。更不幸的是，它們會破壞妳體內原有的“菌群平衡”，引發各種問題。進行適當的體育鍛煉，保持身體健康，提高抗病能力，既實用又理想。
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