目前是2012版基本藥物。與2009版相比，增加了品種數量，優化了目錄結構，增加了適合特殊人群的品種和劑型。這是全面貫徹黨的十八大精神的具體實踐，有利於進壹步深化醫改，鞏固基本藥物制度。有利於深化公立醫院改革，促進醫保、醫藥、醫療的互聯互通；有利於保基本、強基層、建機制；有利於常見病、多發病、慢性病特別是重大疾病的防治；有利於減輕群眾用藥負擔，滿足基本用藥；有利於樹立正確導向，促進醫藥企業優化升級；有利於推動醫學科技創新。
2012版目錄分為化學及生物制品、中成藥、中藥飲片三部分，其中，化學及生物制品317種，中成藥203種，中成藥520種。2012版目錄具有以下特點:壹是增加了品種數量，能夠更好地服務基層醫療衛生機構，促進各級各類醫療衛生機構充分配備和優先使用基本藥物。二是優化結構，補充抗腫瘤和血液病藥物類別，註意與常見病、多發病特別是重大疾病、婦幼用藥的銜接。三是規範劑型和規格，初步實現標準化。520種藥品涉及1400的850多個劑型和規格。雖然目錄中的品種數量有所增加，但與2009年目錄中的307個品種相比，數量明顯減少，這對於指導基本藥物生產流通、招標采購、合理用藥、定價報銷和全過程監管將具有重要意義。
2012版《目錄》充分註意與其他政策的有效銜接。壹是註意與世界衛生組織基本藥物示範目錄的銜接。化學藥品和生物制品的數量接近當前世界衛生組織推薦的基本藥物數量，更好地代表了發展中國家的水平。二是註重與醫保(新農合)支付能力的銜接，保證基本藥物高比例報銷。三是註意與常見病、多發病的銜接，以及婦女兒童用藥，繼續中西醫並重。第四，要註意與保障重大疾病用藥的銜接。目錄包含治療兒童白血病、終末期腎病、血友病等重大疾病的藥品，基本滿足重大疾病臨床基本用藥需求。