1.細胞質:這裏的細胞質是指除細胞核、質體和線粒體以外的原生質。可分為三部分:質膜、細胞質和液泡膜。
(1)質膜:在植物的活細胞中，由於原生質體緊貼細胞壁，質膜不易被看到。當細胞置於高滲溶液中時，原生質體因脫水而收縮，與細胞壁(即質壁)分離。此時在原生質體的外表面可以看到壹層透明膜，稱為質膜。質膜與其他膜(如液泡膜、葉綠體膜、線粒體膜等)具有相似的組成和結構。)，它們由脂質(主要是磷脂)和蛋白質組成。質膜主要有兩個特點:壹是半透性，表現為壹種滲透現象；二是通過卵自體細胞質或多肽形成的載體選擇性轉運某些物質的特性。因此，它不僅可以阻止許多有機物質(如糖和可溶性蛋白質)滲出細胞，還可以調節水、鹽和其他營養物質進入細胞和排出廢物。壹旦細胞死亡，質膜調節細胞內外物質的能力就消失了，這就是炒莧菜有紅色汁液的原因。
(2)細胞質:在光學顯微鏡下可見質膜內有半透明無色的粘稠液體，稱為細胞質(質膜和液泡膜之間的細胞質)。在幼態細胞中，細胞質占據了細胞腔的大部分，容易失水成為凝膠狀態，也容易被水稀釋。例如，種子中堅硬的細胞質在萌發時被水稀釋。
(3)液泡膜:隨著細胞的生長，細胞質中出現濃縮細胞液的液泡。細胞質和液泡之間還有壹層薄膜，稱為液泡沙漠。其組成和特性與質膜相同。細胞質在細胞中總是以壹定的方式運動，它的運動常常受到環境條件的影響。相鄰細胞壁受傷，容易刺激細胞質流動；其他的，比如溫度，光線，化學物質等。，都對介質的運動有影響。間充質運動可以促進細胞內營養物質的循環，促進細胞的通氣、生長和傷口恢復。電鏡下，細胞質不純，但具有壹定的復雜結構，包括內質網、核糖核蛋白、微管、高爾基體、球體、微粒體等細胞器。
1)內質網是壹個充滿細胞的膜系統。膜的厚度約為50埃，通常呈小管和囊狀。這些膜分支成網狀結構，有的分支與核膜相連，有的分支與質膜相連。內質網在細胞代謝中的作用尚不明確，但它是核糖體集中的地方，因此被認為與蛋白質的運輸和儲存有關。
2)核糖體核糖體是細胞內的超微顆粒，近球形，直徑約100 ~ 200埃。在分生組織細胞中，它們大多遊離在細胞質中，而在分化成熟的細胞中，它們大多附著在內質網膜的外表面。核糖體含有大約40%的蛋白質和60%的RNA。核糖核酸卵本身就是卵臼合成的場所。
3)微管稱為微管，在靠近膜的細胞質中有微小的細長結構。它的直徑約為250埃，但可以擴展到幾微米。微管的作用還不夠清楚，但從微管和細胞壁上的微纖絲的相似性以及微管集中的地方壁特別增厚的現象來看，有人認為微管參與了纖維素微纖絲在細胞壁上的沈積。
4)go 1三體(高爾基體)高爾基體是細胞質中除質體和線粒體以外的其他細胞器之壹。它由許多小板塊組成，每壹個小板塊都被單層薄膜包裹著，它們的末端往往被放大，板塊邊緣周圍有壹排排小氣泡，可能是小板塊收縮形成的。在高等植物中，細胞壁的基質物質木質素、果膠和半纖維素通過高爾基體沈積。
此外，還有壹些細胞器，如與脂肪產生有關的球粒體、微粒體等，具有酶催化的特性，能將油脂轉化為碳水化合物，為植物所利用。
2.細胞核:除了細菌和藍藻，所有細胞都有細胞核。少數細胞(如篩管)成熟時會失去細胞核。壹般壹個細胞只有壹個細胞核，但也有多個細胞核(如乳腺導管)。細胞核在細胞中的比例、位置和形狀隨著細胞的生長而變化。年輕細胞的細胞核在細胞質中占有很大的體積比例，位於細胞質的中央，呈球形。隨著細胞的生長，細胞核的體積比例逐漸減小，當細胞質被擴大的液泡擠壓在細胞周圍時。細胞核也被擠壓到細胞的壹側，其形狀經常發生變化。細胞核可分為核膜、核仁、核液和染色質。
(1)核膜:是細胞核表面的壹層薄膜。在電子顯微鏡下可以看到核膜上的孔洞，核膜上孔洞的打開或關閉與植物的生理活動密切相關。壹般來說，核膜的作用是將核物質，主要是脫氧核糖核酸(DNA)從細胞質中分離出來，維持細胞核內壹定的代謝環境。核膜孔為細胞核和細胞質之間的物質交換提供了通道。
(2)核液:核膜內充滿粘度大的液體膠體，稱為核液。它的主要成分是低聚合度的蛋白質。核仁和染色質分布在核液中。
(3)細胞核:細胞核內有壹個或幾個折射率較強的小球體。核仁主要由蛋白質和核糖核酸(RNA)組成。其主要功能是產生核糖核蛋白，然後將其轉移到細胞質中。
(4)染色質:細胞核中容易被堿性染料染色的物質稱為染色質。染色質在未分裂的細胞核中不明顯，也可成為顏色較深的網狀；當細胞核分裂繁殖時，染色質聚集成染色體。染色質由DNA和卵本身組成，DNA是遺傳的主要物質基礎，因此染色質與植物遺傳有著重要的關系。現在普遍認為細胞核在控制身體特征遺傳和控制調節細胞內物質代謝途徑中起主導作用。沒有細胞核，細胞停止生長代謝，無法繁殖，光合作用形成的同化澱粉也不會溶解，細胞存活時間短，很快就會死亡。同樣，沒有細胞質，細胞核也不能孤立存在。
3.質體:質體是綠色植物才有的結構，與自養營養密切相關。它是壹些分散在細胞質中的蛋白質和類脂顆粒。細胞內有不同的數目，可以是自由分裂形成的，也可以是線粒體轉化形成的。它們的基本結構是蛋白質基質，色素分布在其中。因為質體含有不同的色素，執行不同的生理功能，所以可以分為葉綠體、白色體和異染色質。
(1)葉綠體:高等植物的葉綠體壹般呈球形或扁圓形。國考大學網站上收集的葉綠體含有葉綠素、葉黃素和胡蘿蔔素，由於葉綠素含量高，所以呈綠色。主要分布在綠色植物的葉片和裸露的幼莖、幼果的基本組織中。它是光合作用和合成同化澱粉的場所。最近認為葉綠體含有約30種酶，這是酶的濃度。許多重要物質的合成和分解都與葉綠體密切相關。它不僅合成碳水化合物，還合成蛋白質，蛋白質是細胞內生化活動的中心之壹。在電子顯微鏡下，葉綠體呈現復雜的超微結構，具有雙層膜包膜。膠囊內是壹種無色的基質，通常含有被同化的澱粉。基質中有數個基粒，由壹系列具有雙層膜的類囊體組成，葉綠素分子分布在膜上形成片層結構。大約有30種酶附著在膜上的孔中。
(2)無色染色體:是壹種微小的質體，沒有色素，但含有許多酶，多為球形，但會發生變化。主要分布在未暴露的組織中，常聚集在細胞核附近。外面還有壹層包膜，裏面的囊狀體不發達，也就是壹般不形成顆粒。白色體與積累和貯存的物質有關，所以白色體包括合成貯存澱粉的粉末，合成調脂和油脂的造油體，合成貯存蛋白的蛋白體。
(3)異染色質體:是含有胡蘿蔔素和葉黃素的質體(通常為黃色、橙色或紅色)，常呈桿狀、圓形或不規則形。主要存在於花和果實中，也存在於根中(如胡蘿蔔)。其結構壹般也是被包裹的，內部基本顆粒很少或沒有，在不發達的類囊體之間的基質中有類胡蘿蔔素假晶體。當壹些異色體發育完全後，包膜消失，只剩下胡蘿蔔素的假晶體，稱為色素體。目前異色體對植物的生理功能還不是很清楚，其中所含的胡蘿蔔素和葉綠素壹樣，是光合作用中的催化劑。胡蘿蔔素也是動物維生素A的來源。
上述三種質體在起源上都可以來源於被稱為前質體的粒子，它們在壹定條件下是可以轉化的。比如辣椒、番茄的果實成熟後會變紅，是因為葉綠體失去葉綠素，變成異色體。
4.線粒體:線粒體是存在於細胞質中的線狀或顆粒狀顆粒，直徑0.5 ~ 1微米，長1 ~ 2 μ m，是細胞內各種酶的集中點，是細胞內物質氧化(呼吸)的中心，與能量轉換有關，即分解碳水化合物、脂肪和蛋白質，釋放能量。線粒體通過分裂繁殖，可以轉化為質體，首先轉化為白色體。
5.液泡:液泡外面有壹層液泡膜，將細胞液與細胞質隔開。液泡膜是有生命的，屬於原生質體的壹部分，而細胞液是細胞代謝過程中產生的各種物質的混合物，是無生命的。液泡在這裏被視為細胞器，因為它們在植物細胞生理活動中起著重要作用。幼細胞無液泡或空泡，小而散。隨著細胞分化成熟，液泡逐漸增多並合並成幾個大液泡或壹個中央大液泡，將細胞質、細胞核和質體推向細胞外圍。
(2)後內含物:細胞在生命過程中產生的各種無生命物質，統稱為後細胞內含物。細胞之後的物質種類繁多，有些具有重要的醫學價值，是植物入藥的主要因素，有些是具有營養價值的貯藏物，是人類食物的主要來源，有些是細胞廢棄物。它們的性質或形態是中藥材鑒定的主要依據。這裏只介紹成型的儲存和廢物，包括澱粉顆粒、菊粉、糊粉顆粒、脂肪油和各種晶體，介紹如下。至於以溶質狀態分布在細胞液中的後物質，如生物堿、苷類、鞣質等。，其性質和理化鑒別詳見第三章中草藥化學成分。
1.澱粉:由多分子葡萄糖脫水縮合而成，分子式為(C6H1005) N，壹般綠色植物光合作用產生的葡萄糖在葉綠體中暫時轉化為澱粉，稱為同化澱粉。被同化的澱粉再次分解為葡萄糖並被運輸到貯藏器官，粉末(白色體之壹)中重新形成的澱粉稱為貯藏澱粉。貯藏澱粉通常以澱粉顆粒的形式儲存在根、塊莖和種子等薄壁組織細胞中。澱粉堆積時，首先形成澱粉的核心(臍點)，然後繼續在核心周圍堆積。由於晝夜交替，澱粉沈積密度不同，從而呈現輪紋(層紋)。澱粉粒形狀為球形、橢圓形、長方形或多邊形，臍點形狀為顆粒狀、裂隙狀、分叉狀、星形，有的在中心，有的在壹端。澱粉還可分為單粒、多粒和半多粒。只有壹個肚臍點的澱粉粒稱為單粒澱粉，有兩個或兩個以上的肚臍點，每個肚臍點只有自己的紋層，有兩個或兩個以上的肚臍點。除了它自己的片層之外，每個臍點被稱為半多粒澱粉。澱粉粒的形狀、大小、層理、臍點常因植物不同而異，故可作為鑒別藥材的依據。澱粉顆粒不溶於水，在熱水中膨脹並糊化，用酸或堿煮沸後變成葡萄糖。當暴露於稀碘溶液時，澱粉顆粒變成藍黑色。
2.菊粉:由果糖分子聚合而成。它溶於水，主要存在於菊科和桔梗科植物根的細胞液中。由於不溶於乙醇，含菊粉的材料(如蒲公英、大麗花或桔梗)可用乙醇浸泡，壹周後切片，在顯微鏡下觀察，細胞內可見菊粉的球形或半球形晶體。菊粉在25%α-萘酚溶液和濃硫酸中變紫時溶解。
3.蛋白質:也是細胞內的儲存營養素，由碳、氫、氧、氮組成，還含有硫和磷。它是壹種復雜的含氮物質。貯藏蛋白是壹種化學性質穩定的無生命物質，與構成原生質體的活性蛋白完全不同，不能混淆。種子的胚乳和子葉細胞中含有豐富的蛋白質。有些以無定形狀態分布在細胞中，如小麥胚乳細胞中的小麥品質；但通常以糊粉顆粒的形式儲存在細胞質或液泡中，糊粉顆粒非常小。然而，壹些植物，如蓖麻種子，具有相對較大的糊粉顆粒和壹定的結構。其外有壹層蛋白質膜，無定形的蛋白質基質中分布著雞蛋樣的假晶體和環己醇磷脂的鈣或鎂鹽的球體。茴香胚乳的糊粉顆粒也含有細小的草酸鈣簇。這些儲存的蛋白質碘溶液變成暗黃色；當它遇到硫酸銅和苛性堿溶液時，就變成紫色。
4.脂肪和脂肪油:是脂肪酸和甘油結合形成的酯。也是植物貯藏的營養物質，存在於植物器官中，尤其是種子中。常溫下壹般為固體或半固體的脂肪稱為牛油，如牛油、克豆脂；如果是液體，就叫脂肪油，以小油滴的狀態分布在細胞質中。有些植物種子特別富含脂肪油，如蓖麻籽、芝麻籽和油菜籽。脂肪和脂肪油不溶於水，但溶於有機溶劑。它們在堿的情況下皂化，在蘇丹III溶液的情況下為橙紅色，在鋨酸的情況下為黑色。壹些脂肪油可用於食品和工業，而另壹些用於醫藥。例如，蓖麻油經常被用作瀉藥，風信子油被用來治療麻風病。
5.晶體:通常被認為是細胞生命中產生的廢物。常見的晶體有草酸鈣和碳酸鈣。
(1)草酸鈣晶體:草酸鈣晶體的形成被認為具有解毒作用，即大量對植物有毒的草酸被鈣中和。在器官中，隨著組織的老化，草酸鈣的結晶逐漸增多。草酸鈣往往是壹種無色透明的晶體，它以不同的形式分布在細胞液中。壹般壹種植物只能看到壹種形態，少數有兩三種。如香椿根皮除簇晶外還含有方晶，曼陀羅葉中含有簇晶、方晶、砂晶。草酸鈣晶體的形狀如下:
方晶:又稱單晶或塊狀晶體，通常呈菱形、長方形等形狀。如甘草、黃柏、東莨菪堿等。
針狀晶體:具有尖端的針狀晶體，多成束存在於細胞中，稱為針狀晶束，常存在於粘液細胞中。如半夏、黃精。
簇晶:由許多菱形晶體組成，壹般為多邊形、星形如大黃、人參等。
沙晶:小三角形、箭頭形或不規則形，聚集在細胞內。如顛茄、牛膝、枸杞等。
柱狀晶體:長柱狀，長度是直徑的4倍以上。如射幹、淫羊藿葉等。
並不是所有的植物都含有草酸鈣晶體，但由於植物種類不同，含有的形狀和大小也不同，可以作為鑒別中草藥的依據。草酸鈣晶體不溶於醋酸，但溶於20%硫酸，形成硫酸鈣針狀晶體。
(2)碳酸鈣結晶:多存在於植物葉片表面細胞中，其壹端與細胞壁相連，形似壹串懸掛的葡萄，形成鐘乳石。鐘乳石多存在於爵床科、桑科等植物中，如穿心蓮、大麻等植物的葉中。在碳酸鈣晶體中加入乙酸會溶解並釋放出co2氣泡，這可以與草酸鈣區別開來。
(3)細胞壁:細胞壁是原生質體生命活動的產物，是植物細胞周圍無生命的部分，具有壹定的韌性。細胞壁可分為三層:中間層(細胞間層)、初生壁和次生主壁。中間層是細胞分裂時形成的第壹層，為相鄰細胞所占有。主要由果膠組成(果膠的分解破壞會引起細胞分離)。之後，初生壁在中層形成並逐漸增多，主要由纖維素、半纖維素和果膠組成。初生壁通常薄而有彈性。壹些細胞停止生長後，在初生壁內繼續增厚。此時的細胞壁稱為次生壁，主要由纖維素構成，但也常沈積有其他物質(如木質素)。次生壁壹般又厚又硬，使細胞具有很大的機械強度。
1.細胞壁的伸長和增厚:年輕的細胞壁很薄，隨著細胞的生長而越長越厚。壁的伸長是細胞壁新填充了壹些物質，使初生壁繼續變大伸長。這叫填充式增長。細胞壁增厚是壹些物質在原細胞壁中層層下沈，使細胞壁增厚，形成同心層，稱為附加生長。厚壁細胞是附加生長的結果，往往有明顯的層和坑，細胞腔逐漸變小，細胞的活物質逐漸消失或成為死細胞。
2.凹坑和胞間連絲的細胞壁在加厚過程中加厚不均勻，在很多地方留下沒有加厚的縫隙，稱為凹坑。紋孔通常為小巢或細管，相鄰細胞壁的紋孔常成對相連，稱為紋孔對。坑對有三種類型，即簡單坑、邊緣坑(雙坑)和半邊緣坑。
單坑:細胞壁加厚部分呈圓形或扁圓形，坑對中間被初生壁和中間層形成的坑膜隔開。
邊緣凹坑:凹坑邊緣沿次生壁方向向細胞腔內凸出，形成扁圓形凹坑腔，凹坑口呈圓形或扁圓形，同時凹坑膜中心(即凹坑所在的初生壁)增厚，形成凹坑塞。所以有些邊緣孔在顯微鏡下從正面看像三個同心圓。外環是空腔的邊緣，第二環是塞子的邊緣，內環是槽口的邊緣。帶槽塞在邊緣圖案上具有閥門的功能。當水流很快時，水壓會把隔膜推向壹邊，槽塞會堵住槽孔，從而減緩上升的水流。這種坑塞只存在於針葉樹的管胞中，而其他裸子植物和被子植物的縣緣都沒有坑塞，所以正面只有兩個同心圓。
半邊緣凹坑:在管胞或導管和薄壁細胞之間形成的凹坑。即壹邊有拱形的脊邊，另壹邊看起來像簡單的坑。沒有孔塞。
胞間連絲:細胞間有許多細長的胞間連絲，它們通過初生壁上的微孔相互連接。這種胞間連絲稱為胞間連絲。電鏡下可見連接相鄰細胞的胞間連絲中有內質網系統。如柿核和馬錢子胚乳，細胞間可見明顯的胞間連絲。
3.細胞壁的特化:細胞壁主要由纖維素組成(纖維素遇氯化鋅碘溶液呈藍紫色)。由於環境的影響和不同的生理功能，細胞壁上常沈積其他物質，導致理化性質發生變化，如木質化、木栓化、角質化、粘液化、礦化等。
木質化:由於細胞產生的木質素(壹種由苯丙烷的衍生單元組成的聚合物)的沈積，細胞壁變得堅硬牢固，增加了植物支撐重力的能力。樹幹內部的木質細胞是木質化的結果。向木質化的細胞壁中加入壹滴間苯三酚溶液，等壹會兒，再加入壹滴濃鹽酸，呈紅色。
木栓化的:是脂肪木栓滲入細胞壁的結果。木栓細胞壁不透水不透氣，細胞內的原生質體與周圍環境隔離而死亡。木栓細胞具有保護作用，如樹皮外的粗糙表皮是由木栓細胞組成的木栓組織。木塞狀細胞壁遇蘇丹ⅲ試液可染成紅色。
角質化:細胞產生的脂肪角蛋白不僅充滿細胞壁本身，而且往往在莖、葉或果實的表皮外側形成壹層薄薄的角質層。可以防止水分的過度蒸發和微生物的入侵。角質層在遇到蘇丹紅ⅲ試液時被染成橙色。
粘度:是細胞壁中的纖維素等成分變成粘液的變化。粘液形成的粘液在細胞表面往往是固態，吸水膨脹後變成粘稠狀態。如車前子、亞麻籽，粘液細胞壁遇硫氰酸鈉乙醇溶液染成玫瑰紅，遇釕紅試劑染成紅色。
礦化:細胞壁含有矽質或鈣質物質，其中以矽質物質最常見。例如木賊莖和矽藻的細胞壁中含有大量的矽質物質。由於二氧化矽的存在，細胞壁硬度增加，可用作摩擦材料。二氧化矽溶於氟化氫，不溶於醋酸或濃硫酸(可區別於碳酸鈣和草酸鈣)。