雖然具有起效快、抑酸強的優點，但並沒有從根本上解決反流問題，停藥後容易出現反復癥狀。針對胃食管動力異常，嗎丁啉和莫沙必利也可合用，但這些藥物的效果並不理想。
中醫藥因其療效確切、副作用少、不易復發而越來越受到人們的重視，現已成為胃食管反流病的重要治療方案。不僅壹部分西醫治療無效或不良反應嚴重的患者選擇中醫治療，壹部分長期接受西醫治療的患者也逐漸選擇中醫治療本病。
中醫認為脾主運化，升發為健；胃主受，降則和。肝隨脾升，膽隨胃降，膽胃和諧，疏泄正常，是壹種正常的生理狀態。但壹旦邪在膽，肝氣郁結，脾氣不升，胃氣不降，肝不隨脾升，膽不隨胃降，臨床上就出現了胃食管反流、食管侵潤等壹系列臨床癥狀。
中醫治療本病是通過“察證求因”，找到其發病機理的關鍵。治療重在恢復肝、膽、脾、胃的生理功能，達到脾升胃降、肝升脾胃、膽降胃的生理狀態，是該院中醫治療的特色。
中醫通過協調臟腑關系，恢復胃腸道的正常功能，改善食管括約肌的張力來治療本病。中醫藥治療本病有效率達90%，深受患者歡迎。