六邊形輪廓似雪花、苯環結構，代表學校所在區域，體現學校內涵的現代化；六邊形的綠色象征著自然、人們對生命的尊重和人文精神，具有深厚的歷史感。體現了黑龍江中醫藥大學提升中醫、加強藥學、擴大辦學的發展戰略，也體現了中醫的博大精深。
中醫漢語拼音字母的Z和YY以黃白色組合，代表了黑龍江中醫藥大學以中醫藥為主體，醫養結合，多學科協調發展，建設特色突出、有國際影響、國內壹流的國內壹流高水平中醫藥大學的目標。其中，黃色的Z顯示出壹種朝氣和輝煌，象征著中國文化和中醫在傳承五千年中國文化過程中的使命。YY形似兩人手拉手，象征中醫團結協作；再比如萌芽，意味著中醫事業生機勃勃。校旗由白、綠(青色)、黑、紅、黃五種顏色組成，分別對應中醫的金、木、水、火、土五行，表明學校以發展中醫藥為核心目標的基本定位。其中，底部的黃色代表土壤，象征大地，寓意中醫藥植根於中華民族五千年燦爛文明的土壤，象征中醫藥高等教育深厚的歷史人文底蘊；中間的綠(青色)色代表木，象征自然和生命，寓意中醫學科的自然屬性和中醫救死扶傷的神聖使命，也象征廣大中醫學子，寓意學校“立德庶人”的方向和價值追求；黑色代表水，綠色的背景上寫著黑色的校名，象征著學校淳樸厚重的文化傳統，也寓意著學校育人如春風，育人如雨，潛移默化地哺育著中醫學子的成長；頂部的白金象征著中醫的神聖和人道主義，象征著崇高的天空，象征著開放學校的視野和思維，象征著中醫藥高等教育的世界和未來。紅色代表火，紅底白字的會徽象征著太陽，象征著中醫人對中醫藥事業的永恒追求和不竭熱情，象征著全體師生在大學精神的指引下，為實現高水平中醫藥大學的目標而團結奮進。同時，整體構圖傳達了壹個寓意:在晴空萬裏、陽光明媚、雨露滋潤下，大地萬物生長，生生不息；在大學精神、理想信念的指引下，在中醫藥深厚的文化積澱和基礎上，在教師的指導下，使中醫藥學子在學校良好的教學環境中成長成才，共同開創中醫藥事業的美好未來。建校60周年校徽以數字60為基本創意，融入了陰陽、五行、中醫、火焰、騰飛、祥雲、靈芝等設計元素，鮮明地展現了黑龍江中醫藥大學60周年校慶的主題和辦學特色。
Logo 60運用書法中的飛白進行藝術處理，構圖蒼勁靈動，體現了中醫藥大學的美好未來和時代精神。
數字6利用陰陽太極圖進行了非常巧妙的融合，既體現了中醫的精髓，又代表了歷史的車輪，傳遞了黑龍江中醫藥大學勇敢追夢的精神。
數字0用祥雲和靈芝這種中草藥進行創意。祥雲代表和平，同時激起學生對美好未來的向往，寓意海闊天空，鳥語花香。
紅色、黃色、綠色、藍色、黑色和白色是基本色調，六種顏色象征著中醫的五行。其中，紅色代表太陽火焰，黃色代表大地的生機，綠色代表生態自然，藍色代表天空的寧靜，黑色代表堅實厚重，白色代表純凈清澈。絢麗多彩的色彩立體呈現了黑龍江中醫藥大學60年發展的光輝歷程，同時也寄托了人們對黑龍江中醫藥大學美好未來的向往和真誠祝願。校訓是勤奮、求實、博學、創新。
勤奮——老師和學生都應該這樣。勤奮可以彌補錯誤，勤奮是成功的必由之路。
求真——科學不可能是假的。學醫行醫涉及生活，要有求真務實之德。
蔡波是壹種傳統的中醫，應該繼承和發揚。既要重視已有的經驗，也要重視現實的科技成果。在中醫系統內部，也有不同的觀點和流派，不應該互相排斥，而應該互相學習，取長補短。中醫的理論和實踐應該是開放的，包容的，博采眾長的。
創新——中醫必須在原有基礎上不斷取得新的突破，這就需要創新。只有這樣，才能真正處理好繼承和發展的關系，才能跟上現代化的步伐，才能把中國的中藥產業變成世界的中藥產業。醫學精神，大醫生，真誠，止於最好的校歌