1958年6月，學校與第八軍醫學校合並後，校址面積擴大到633畝，其中醫院本部南北用房505畝，壹附院90畝，二附院38畝，建築面積65438+萬平方米，其中教學用房29000平方米，醫療用房29000平方米。1970年，學校遷至清源山後，為創造教學、醫療、科研的基本條件，省革委會撥款近百萬元，新建校舍4棟，新建門診部1，擴建修理廠、印刷廠、制藥廠、實驗室，建築面積8093平方米。
據粗略統計，1970年和1971年兩次學校搬遷中損壞的主要教學設備當時達50多萬元。同時，在學校搬遷過程中，向縣醫院和衛生防疫站調撥了壹批儀器設備，顯微鏡300多臺，相當於當時的20多萬元。
2003年6月20日10，江西醫學院舉行新校區建設奠基儀式，新校區建設正式啟動。新校區位於紅谷灘紅角洲前湖大學園，占地862畝，規劃用地面積494750平方米，規劃建築面積232020平方米，規劃總投資5.85億元。儀器設備1958年6月，學校與第八軍醫學校合並後，各類主要設備大幅擴充，包括顯微鏡626臺，比色計54臺，切片機14臺，分析天平40臺，冰箱25臺，水溫箱10，幹燥箱21，溫箱26臺。圖書資料6萬余冊，其中中文圖書1萬冊，圖書4.5萬冊；7900多種外文圖書，12476冊；中文雜誌284種，2871卷，外文雜誌445種。附屬醫院擴大到兩家，床位800張。還有六所教學醫院。1952年專任教授12人，兼職教授4人，兼職副教授14人，專任講師18人，兼職講師18人，助教57人，* * * 109人。
65438年至0958年，中央衛生部從中央衛生幹部培訓學校抽調婦產科二級教授、曾(兒科)、吳道軍(內科)到該院任教。到1956年春季，學院有專任教師172人，助教45人。與第八軍醫學校合並後，學校現有教職工350人，其中副教授19人，講師59人，教師32人，助教173人，助教67人。
1963年7月，衛生部成立醫學科學委員會，181成員包括江西醫學院鄭兆玲教授。衛生部科學技術委員會下設幾個專門委員會或小組。程崇妮是內科專業委員會委員，劉茂春是皮膚科專業委員會委員，楊學誌是婦產科專業委員會委員。
1968 10，兩所附屬醫院的校幹部、教師、醫務人員先後轉移707人，其中學院238人，壹附院263人，二附院206人。他們被調到全省47個縣(市)公社，組織關系和工資關系與學校完全脫離。從8月底1972開始，根據省革委會有關文件的通知精神，學校已派專人或發公函聯系被下放人員，逐壹了解落實被下放人員的重新掛鉤工作。到5月份1973，已有445人被復讀，其中學校本身幹部教師137人，壹附院159人，二附院159人。5月以後，部分剩余人員陸續重新掛鉤，只有少數人因當地需要和自身意願沒有重新掛鉤。
1989，姜琳、葉如梅被評為“全國優秀教師”；1991，鄒誌森被評為“全國優秀教師”；1984，戴玉成被授予“國家有突出貢獻中青年專家”稱號；1986，易為民、曹勇獲“國家有突出貢獻中青年專家”稱號；1983年，高射遠、盧春寶榮獲全國“三八”紅旗手稱號。1992年，葉如梅被國務院授予“衛生保健突出貢獻人物”稱號。65438至0993，劉艷玲、葉如梅當選第八屆全國人民代表大會代表；邱明清當選為第八屆中國人民政治協商會議委員。65438至0995年，王道仁被評為“全國優秀教師”。65438-0995，毛振邦被評為“全國衛生系統先進工作者”。在1996，劉艷玲被授予白求恩獎章。
1997，易為民當選第十五次黨代會代表；2002年，高當選為黨的十六大代表。1998，劉艷玲、葉如梅當選為第九屆全國人民代表大會代表；2003年，易當選為第十屆全國人民代表大會代表。1999，程小樹榮獲全國“五壹”勞動獎章；2003年，高榮獲全國五壹勞動獎章。
2001年學院本部教師622人，其中博士16人，教授95人。2005年，學院本部教師總數增至865人，其中博士47人，教授148人。2004年，易為民被授予白求恩獎章。2004年，龔被評為“全國優秀教師”；2005年，易為民被評為“全國先進工作者”；2005年，程曉舒被評為“全國優秀科技工作者”。1952年元旦改革後，江西醫學院招生規模開始擴大，當年招生61人。1953之後，招生規模已經超過110，尤其是1956，招生規模已經逼近400人。
1958，學校招生425人，比1957多壹倍。到1959，全院在校生達到1872人，其中醫學部163人，兒科60人，三年制醫學部135人，壹年級保健機構34人，護理學院86人，業余大學醫學部130人，檢驗班。
文革期間，學院從8月1972開始招生，其中72級333人，73級401人，74級417人，75級459人，76級458人。2月1978，經過全省組織的統考，錄取本科生442人(77級)。同年秋季招收551本科生(78級)，分別招收505、545和51980、1981、1982。
65438-0993年，除按計劃在江西省內招收本科生外，積極擴大在其他省份的招生比例，學院本科年招生首次突破600人。另外，從1993開始，學院連續三年嘗試招收專科生。1996年，在國家統壹招生改革精神的指引下，學院新招收本科生666人，其中省外生源150人。1999，學院先招收4名博士生，2000年招收7名博士生。
2001年本科生5012人，碩士生292人，博士生21人。2002年，全院共有本科生5625人，碩士生414人，博士生25人。2003年，該院有本科生6280人，碩士生556人，博士生29人。2004年本科生7156人，碩士生714人，博士生29人。2005年，全院共有本科生8517人，碩士生883人，博士生36人。成人教育的規模逐年增長。2002年成人高等醫學教育學生人數居全國同類醫學院校之首。1952，學校將專業院系調整為13院系，包括解剖、生理、病理、藥理、生物、微生物、公共衛生、內科、外科、兒科、婦產科、皮膚科、五官科。1954教研室改組為生物化學、生理學、藥理學、解剖學、寄生蟲學、微生物學、病理學、化學、物理、生物、衛生學、政治、俄語、體育等14教研室。
65438年6月至0954年6月，學院重組臨床科室，在附屬醫院成立了基礎內科、系統內科、臨床內科、普通外科、系統外科、臨床外科、耳鼻喉科、眼科、皮膚科9個臨床教研室。兒科和婦產科教研室仍設在原教學醫院。1956省衛生廳決定將中醫實驗醫院並入江西醫學院附屬醫院。
1960年4月，學校建立了14專業實驗室，包括人體心血管、組織培養與組織化學、寄生蟲地方病、免疫學、營養學、內分泌學、高血壓的中醫治療、植物化學與有機化學、膠體化學與儀器分析、腫瘤病理學、燒傷、針灸與經絡、心血管外科與代謝。165438+10月7日，經省委宣傳部批準，學院成立了保健系和放射科。
1963 9月，學院行政機關為:教務處、教務處、人事處、總務處、圖書館、基礎部、醫務部、兒科、壹附院、二附院。
1984四九月，學院開始進行機構改革。截至1991年底，學院已設立省衛生廳規定的13黨政處(廳、處)級管理機構和10正廳級教學業務機構，還按照有關規定設立了監察室和辦公室。
從65438到0993，學院進行了全方位的院系結合改革。到1994，學院級教學機構有3個系6個科室，分別是社科系、基礎系、軍體系、臨床壹科、臨床二科、兒科、口腔科、醫學影像科、預防醫學科。
2000年，組織申報的“江西省醫學生物高技術重點實驗室”獲批並掛牌醫學院，成為學院第壹個省級重點實驗室。2002年，江西省分子醫學重點實驗室被批準為省級重點實驗室。2003年，國家幹細胞工程技術研究中心江西分中心和天津謝赫幹細胞基因工程有限公司江西工作站成立，到2005年，又增加了兩個省級重點實驗室(江西大學基礎醫學重點實驗室和江西省消化疾病研究重點實驗室)。
1998學院提出全院附屬研究機構調整方案並實施:(1) 16研究機構保留，即消化內科研究所、泌尿外科研究所、燒傷科研究所、心血管病研究所、肝膽病研究所、口腔醫學研究所、眼科研究所、腫瘤分子生物學實驗室、腫瘤免疫學實驗室、神經分子生物學實驗室、神經分子生物學實驗室。(2)重新組建臨床藥理研究所、分子醫學研究所、血液學研究所、微量元素實驗室、骨科實驗室、血管外科實驗室六個研究機構；(3)撤銷毒理學實驗室、人工關節實驗室、矽肺實驗室、顯微外科實驗室四個研究機構。