唐代，藥物已增加到1000余種，藥物知識也已基本可以滿足壹般臨床應用的需要。國家曾組織力量開展藥源調查，在此基礎上於顯慶年間（656--660年）編修了《新修本草》，又名《唐本草》，這是世界上第壹部由政府編修並頒布實施的具藥典性質的藥學專著。在已有的本草學基礎上，精選民間新藥114種，使藥物種數達到850種，這本藥學專著以較多的藥物基原考證和較豐富臨床用藥經驗贏得了中外醫藥工作者的尊崇。70多年後，陳藏器又收集《唐本草》未載之藥692種，撰成《本草拾遺》。二者合計，唐代開發利用的中藥資源已達1500多種。
宋代，印刷技術的發展，為醫藥資料的整理、傳播提供了良好條件。北宋時期，國家再次大規模調查藥物資源，並成立醫藥編纂出版機構--校正醫書局，還設立了官辦的制藥廠（惠民制藥局）生產中成藥。百余年中，三次修訂本草，大量校勘匯總，增補文獻和用藥經驗，形成歷史上官修本草高潮，官方代表作有《開寶本草》、《嘉佑本草》和《本草圖經》。宋代唐慎微集前人之大成，收集《開寶本草》、《嘉佑本草》篩選遺余藥物554種，又自增8種，輯成《經史證類備急本草》，簡稱《證類本草》。至此，我國古代開發利用的藥物資源已達1748種，極大地豐富了中醫藥寶庫。
金、元時期，中藥資源開發利用在穩定和鞏固品種的基礎上，重點轉向精煉藥效、歸納藥理，其主要貢獻是把醫藥理論與具體藥物密切結合，形成了多層次的中藥學理論體系，對後世影響極深。
明代是中國古代史上中藥資源開發利用和本草理論發展的鼎盛時期，特別是明代中葉，隨著生產水平的提高及國內外市場的開拓，商品經濟有很大發展，醫藥界人文薈萃，名著叠起。《本草品匯精要》收載藥物1815種，增補46種，尤以文字簡潔精要。彩色實物繪圖名聞於世。《滇南本草》收載藥材448種，是壹部記載高原地區藥物（包括民族藥物）的珍貴著作。舉世聞名的《本草綱目》收載藥物1892種，把古代中藥資源開發利用 推向了頂峰，並以博大精深的內涵總結了明以前中藥資源開發利用的經驗，圖文井茂，提高了本草學的編纂技能和水平，開拓了後世中藥發展的新局面。
清代，商品經濟進壹步發展，不僅中藥行、店林立，還形成了壹些全國性的藥材集散市場。中藥材產量和運銷量隨之大增，中藥資源開發利用的範圍又進壹步擴大和提高，著錄和存世的本草近400部，其中，學術價值較高的著作有《本草綱目拾遺》、《植物名 實圖考》。前者收載《本草綱目》未收載的藥物716種；後者收載植物1714種，雖名為《植物名實圖考》，實際也是壹部寶貴的藥物專著。與此同時，中國民族藥開發利用也得到了很大發展，如藏族著名藥學家帝瑪爾·丹增彭措編著了《晶珠本草》，***收載藥物2294種，具有濃厚的藏藥特色，是中國藏醫藥學史上的壹部經典之作。