1、影響壹般不大
（1）微波爐只是提供壹種讓液體加熱的方式，在現代中藥有效成分提取中經常作為壹種替代水煎的提取手段，而且有很多文獻已經證明提取效率更高。當然，僅僅是就目前的研究進展而言，只能說對多數有效成分沒有影響。
（2）微波爐的原理是微波輻射極性分子，使其快速振蕩，加快了分子運動，從而在宏觀上表現為溫度上升。中藥湯劑說白了就是含有很多化合物的水溶液。
（3）因此問題關鍵在於微波能否通過“振蕩”改變化合物結構，也就是說是否會破壞氫鍵和分子鍵之類的化學鍵。我查了壹下資料，微波振蕩所產生能量相對比氫鍵和***價鍵等化學鍵能量要小的多，因此不會破壞化學結構，也就不會影響效果。
（4）另外，現代炮制研究表明微波法炮制很多中藥，不會對有效成分含量有影響，有的甚至提高了有效成分的溶出率。這也側面說明了微波爐加熱中藥是影響不大的。
2、但是也有影響
（1）每壹味中藥裏面的有效成分都很多，比如人參，光是皂苷類成分就有幾十種，而壹副方劑通常含有3味以上的中藥，是不是每壹味中藥這些所有的成分都不受微波的影響，不好說，因為目前還做不到把所有中藥有效成分都篩查壹遍是不是不受微波的影響。
（2）很多中藥有效成分每年都是在增加的，因為每年都會通過新的分離手段分離藥材裏面新的活性物質（有這當然要歸功於在各大高校裏面中藥學、生藥學和天然藥物化學等專業的同學每天苦逼的拿中藥提取過柱子純化的辛勤勞動，而不是知乎上這些無腦噴子），所以我們調研文獻最多也只能知道已知的有效成分是不是受微波影響，而不可能知道尚未被發現的有效成分是不是受影響。
（3）由於微波提取藥物中有效成分方面效率更高，原本水煎液中含量很少的成分（不壹定是有益的成分），通過微波，增加了提取效率，藥效增強或者減弱也是可能的。
（4）如果藥方中有對熱不穩定或者有效成分易揮發的藥材，比如薄荷等，通常在煎藥的時候是最後加入的，以減少藥物有效成分的損失，但如果這副煎好的藥再放微波裏面加熱，相當於又煎了壹遍，這些對熱不穩定或者易揮發藥物的藥效就會損失很多。
3、不要用微波爐
（1）藥材變性
微波爐的加熱原理是通過微波作用於食物，使其內部分子產生震動而產熱的。用微波爐煎中藥時，藥材內部分子震動產熱的過程中，使藥材分子發生破壞變質，失去原有效能。
（2）煎煮方法各異
中藥的質地、性質往往有顯著差異，因此，煎煮方法或煎煮時間常不同，有先煎、後下、包煎等。煎藥容器通常加蓋，如果用微波爐很難確切知道中藥什麽時候煮開了，加入的水是否足夠，煎煮過程中也不方便攪拌中藥。
（3）火候和時間難以掌握
煎藥講究火候，若用微波爐煎藥，火候和煎煮時間難以掌握。煎中藥要先用大火煮沸，後轉文火煮15~20分鐘。不同的藥煎服時間不同。因為中藥是用慢火煮的，微波爐加熱的原理是快速由內至外，中藥的藥用效果就體現不出來了。