雲南白藥由雲南名醫曲煥章創制，由獨家掌握其配方並秘密配制。
曲煥章曲煥章原來是雲南江川壹帶有名的傷科醫生，後為避禍亂，遊歷滇南名山，求教當地的民族醫生，研究當地草藥，苦心鉆研，改進配方，歷經十載，研制出“百寶丹”，另外他還研制出虎力散、撐骨散的藥方。民國五年（1916年），曲煥章將它們與白藥的藥方壹起交給雲南省政府警察廳衛生所檢驗，合格後頒發了證書，允許公開出售。民國六年（1917年），雲南白藥由紙包裝改為瓷瓶包裝，行銷全國，銷量驟增。民國十二年（1923年）後，雲南政局混亂，曲煥章在此期間，鉆研配方，總結臨床經驗，使雲南白藥達到了更好的藥效，形成了“壹藥化三丹壹子”，即普通百寶丹、重升百寶丹、三升百寶丹、保險子。此時百寶丹已經享譽海外，在東南亞地區十分暢銷。民國二十年（1931年），曲煥章在昆明金碧路建成“曲煥章大藥房”。
1955年，曲煥章的妻子繆蘭英向政府獻出該藥的配方，之後雲南白藥開始在其他藥廠生產。
1880年出生的曲煥章，1902年就研制出了百寶丹，那時他才年僅22歲，如此年輕的壹個山村郎中是怎樣研制出日後聞名天下的雲南白藥的呢？而那些流傳於街頭巷尾、茶樓酒肆的故事，相對於白藥淵源本身來說，似乎顯得更為神奇。傳說有壹天，曲煥章上山采藥，看見兩條蛇正在纏鬥。過了壹會兒，其中壹條敗退下來。這條氣息奄奄的蛇遊到壹塊草地上蠕動了起來。此時，奇跡發生了，不壹會兒，蛇身上的傷口變得完好如初。曲煥章等蛇遊走後，拿起那草仔細辨認，他認定這草壹定有奇效。於是，綜合民間傳說和自己平時療傷止血的經驗，曲煥章終於創制出了百寶丹。
隨著制藥業的發展，不同劑型的需求日顯突出。雲南白藥除散劑外，還開發出膠囊劑、酊劑、膏劑、氣霧劑等。除此之外依病情不同，有經驗的醫生還會把雲南白藥於其他藥物配伍，制成其他劑型。
1955年，曲家人將“雲南白藥”秘方獻給了雲南省政府，次年國務院保密委員會將該處方、工藝列為國家保密範圍。衛生部在關於《衛生工作中國家秘密及其密級具體範圍的規定》說明中明確表示，“絕密級事項其壹就是被列為國家重點保護的中藥制劑，是指由衛生部確定的中成藥。如雲南白藥，其保密期限為長期。”
1984年8月，國家醫藥管理局將雲南白藥配方、工藝列入國家絕密。