剛進入遊戲，先選擇好主人公性別，如果妳是選擇的男生，那麽妳的對手（也就是博士的孩子）就會是女，反之亦然。然後取好妳的名字，就可以開始遊戲了。遊戲壹開始，主角“我”（以下都稱“我”）在壹輛卡車裏，原來是剛搬家到這裏，（真的我也總搬家～汗～）進家以後先上二樓，對著墻上的鐘設定時間，由於遊戲是采用的真實時間制，所以建議大家為了方便起見還是按照現實的時間來設定，設好了後媽媽會讓妳去鎮裏逛逛，和新鄰居們打打招呼，來到右邊屋的二樓，會見到我以後的對手，然後出門往下，就會看到博士的研究所，進去發現博士不在，和壹人交談得知博士出去了。
出門後發現上面有陣騷動，上去後發現博士正被壹只ポチエナ追趕，地上放著壹只博士的背包，博士看見我來了，就像看到天才救星～叫我從背包裏拿出壹只精靈來打倒ポチエナ，三只精靈的屬性分別是草，火，水，進化後火的屬性會變為火和格鬥，水的屬性會變為水，地，草系不變。我挑選了壹只，輕而易舉的打倒了敵人。（我覺得選擇火屬性的小火鳥比較好～強襲型～不是吃的火雞！！！）救了博士隨他壹起回到了研究所，博士為了感謝把剛才挑選的那只精靈送給了我，並拜托我去103號道路把他的孩子叫回研究所。（這點小事也要讓我來做阿～～）出了研究所往上走，來到了コトキタウン鎮，在這裏可以補充壹下體力先，與商店門口的人對話還會得到傷藥。補充好體力後向上走，來到了103號道路，博士的孩子果然在草叢裏，上前與他對話，但他為了看看本宮我的實力執意要與我決鬥，於是戰鬥開始。
博士的孩子手中的精靈屬性是克制我方選擇的那只精靈的，不過好在現在等級都還很低，並沒有本屬性的攻擊技能，（小樣～挑釁，看我不好好收拾妳～）所以不費吹灰之力就打敗了對手，對手戰敗後只得乖乖聽我的話，回研究所去了。（不知道輸了會有什麽後果？我玩過幾次都沒有輸～）回到研究所，對手已經在那裏了，博士為了感謝我，贈送了壹臺圖鑒給我，而對手也為了感謝我給它帶信，贈送了5個精靈球給我，現在就可以捉精靈了～哈哈～出了研究所來到家門口，發現媽媽在門口，與她對話會獲得加速鞋，還是媽媽想得周到～（按住B鍵移動速度會變為正常的2倍），然後就可以正式開始冒險了。加油吧！到了コトキタウン鎮往左走，通過102號道路來到了トウカシティ鎮，路上有不少的訓練員，可以趁此機會練練級。（我是公主我怕誰！）トウカシティ鎮是第壹個有GYM會館的城鎮，不過這裏的首領卻說我是新手，要等我得到4個徽章後再來挑戰，並派了壹個小孩兒教我如何捉精靈（汗～～）教完後出鎮往上走，會遇見水之團（紅寶石則是熔巖團）的人，兩句不和對方向我發起了猛烈的攻擊，不過他的精靈實在是太笨了，很容易就解決掉了，解決後水之團的人逃跑了，問壹下旁邊的人他會送妳壹個超級球，在現階段也算是壹種比較高級的道具了。
往上走通過壹座橋到了カナズミティ市，在這裏記得仔細調查壹下民居，有壹位老人會送給我1號秘傳機器いあいぎり（居合斬），非常有用！在市裏的學校老師還會送給我先行攻擊的道具。都得到以後來到了這個市的會館，這個會館是巖石系的，開始選擇精靈如果是水和草就只需要練到會本系的招數就可以通過了，如果是選擇的火系的精靈就必須練到第壹次進化，進化後學到格鬥系的招數，不但不被克了還反克了巖石系，輕松的就過了。（反正都要練級～所以我說最好選火系阿～這回知道厲害了吧～）打過後會館首領會送我39號技巧機器（巖封）和巖石徽章，有了巖石徽章就可以在平時使用居合斬來砍樹了。（很多寶物和路在樹後～） 過了會館後往左走，會發現水之團的人把壹個人的東西偷走了，（無恥～）那人委托我幫他追回失物，往右追了壹會看到壹個山洞，洞外站著壹位老人，他告訴我他的愛寵也被水之團的人搶去了，（又是他～）進去打敗了水之團的人，救出了老人的寵物，把偷來的道具也給了我。（哼，就妳那點本領還想出來混？～）
拿著道具出了山洞，回到カナズミティ市會有人帶妳到了壹座房子裏，失主為了感謝我就送給了我壹個寵物小工具，還送給了我壹個超級球，不過也要我幫個忙，就是幫他們送壹封信。往下走正要走出カナズミティ市的時候碰到了對手，他告訴我剛才有壹位老人和壹只寵物往下走了，我繼續往下走來到了老人的家，老人為了感謝答應送我到河道對面，於是乘著老人的船來到了ムロタウン鎮。來到了ムロタウン鎮後發現這裏有會館，於是就進去挑戰了。（好戰勇士～）這裏的會館是格鬥系的，如果有會飛的精靈或者招數將會很輕松，如果沒有就有點難度了，因為大部分的敵人攻擊都挺高的。（沒關系，要給自己信心！）
打敗了首領後它會送妳08號技巧機器（加強）和格鬥徽章，有了格鬥徽章就能在平時使用閃光來照明了。（我最怕黑了，現在唯我獨尊了～哈哈哈～）出了會館往上會來到個壹個山洞，在裏面會得到05號秘傳機器（閃光），並且找到了カナズミティ市委托妳找的人，對方會送給我47號技巧機器（鋼之翼），然後便消失了（如再回到カナズミティ市委托妳送信那個人那裏，他會給妳學習機器）。到碼頭再問下老人，選第二項便船便會開到了カイナシティ市，進入城市後發現有許多水之團的人聚集在博物館門口，（小聲說壹下，是在采訪～）現在進不去，於是就先到了右下方的船工廠與裏面的人對話，對話完後出來發現博物館門口的人沒有了，於是就進去看看，（探頭～探頭～）進去後買了50元的票後與第壹個水之團的人對手，他會送給妳46號技巧機器（偷竊），然後到二樓，到二樓後會發現水之團的人來偷東西，於是戰鬥開始，解決後水之團的人全體逃跑了。（鄙視妳們～）
這出門往上走，會發現先堵在上面的水之團成員也消失了，於是往上面進發，在上面會看到壹個忍者的小屋，裏面有不少好道具。得完後出門往右走，又會遇到對手，這次與她對話後開戰，這次她的實力不凡，精靈也進化了，（任何事物都是在不斷進化的～假裝很有學問的樣子。哈哈）擊敗她後她送給了我壹個寶物探測器，可以發現隱藏的寶物。繼續往上來到了キンセツシティ鎮，在鎮上商店的右邊民居裏會得到06號秘傳機器（碎巖）。再到鎮上的自行車店，會得到自行車，自行車有兩種，壹種是按著B鍵可以跳的，壹種是如果不撞到東西就會跑的飛快的，不過建議還是用可以跳的那種，因為後面有些地方必須要這種自行車才能跳過。選擇好自行車後來到了鎮上會館，門口站著先在トウカシティ鎮教我捉精靈的那個人，他要與我決鬥，不過不壹會就敗下陣來了。（嘻嘻，也不看看我是誰，誰是我～）打敗他後進入會館，這個會館以電系的居多，所以使用地系招數比較好。打敗首領後得到了34號技巧機器（電擊炮）並且也得到了徽章，有了這個徽章就可以在平時使用碎巖了。
打完會館後向上面走，途中112號道路有沙漠，現在暫時還不能進去，於是往左走，上了壹個階梯之後發現水之團的人在纜車站的門口守著，現在也進不去，繼續往左過了壹個山洞，來到113號道路，這裏飄著大雪，再往左走就來到了ハジツゲタウン鎮，在鎮上補給壹下後往左走，會來到壹個山洞，山洞裏熔巖團和水之團正準備火拼，不過看到我來了後卻都散了。（怕了我了？）等他們走後繼續往下走，會發現又回到了カナズミティ市，然後去原來解救那位老人寵物的那個山洞，會發現裏面有兩個人，不過他們被巖石隔開了，（兩地分居～）這時用碎巖技能打碎石頭，（好人好事～成全壹對有情人～）那個男的就會送給我04號秘傳機器（怪力）。（妳有怪力不會自己推石頭阿～郁悶～）
然後會到纜車站，會發現沒有人攔路了，於是坐纜車上行，會看到熔巖團的人和水之團的人正在大火拼，往左上走點會和水之團的首領發生戰鬥，打贏後熔巖團的人會向我道謝，然後兩個團的人都走了。（他們誰是好人阿？～我玩的時候以為他們都是壞蛋，光顧著記錄攻略了，多麽盡職盡責阿～）然後調查地上的裝置，得到隕石。得到隕石後往下走，發現剛才被擋住的路現在通了，於是就往下走，這裏的樓梯只有用自行車的跳躍方式才能向上，多跳幾次得完了道具後便來到了フエンタウン鎮，（我跳，我跳，我再跳！）フエンタウン鎮是個溫泉勝地，與溫泉前面的老奶奶對話她會送給妳壹個蛋，孵出來會是LV5的小忍耐獸。（還好不是溫泉蛋～汗～）補充下道具後就往會館前進了，這裏的會館是火系的，到現在大家應該會有壹只水系的精靈吧，用水系或者地系來打都非常有效。打敗首領後她會送妳50號技巧機器（燃燒殆盡）這招是火系招數，威力有140，不過使用後自己的特攻會下降壹級，不適合經常用，（有點害人害己的感覺～）並且還得到了火系的徽章，可以在平時使用怪力術了。這時已經湊齊了4個徽章，就可以回到トウカシティ鎮了，到了鎮上的會館，通過壹層壹層的門來到了會館首領的面前，打敗他後會得到徽章，有了這個徽章就可以使用乘浪了。（小聲問壹下，妳們看出他是誰了吧？～）
出會館門後去會館左邊的房子，裏面的人會給我03號秘傳機器（乘浪）。來到キンセツシティ鎮，在往邊走壹直走到河邊，然後使用乘浪來到119號道路，在119號道路的最上方有壹座大廈，裏面的科學家正被水之團的人劫持，我見義勇為的打倒了壞人，水之團又再壹次夾著尾巴跑掉了，科學家為了感謝我，送了壹只25級的ポワルン給我。 解決完後往右走來到了ヒワマキツティ鎮，但這裏的會館不知怎麽的進不去，被什麽無形的東西擋住了，沒辦法，只好繼續往下走。往下走遇到了對手，再壹次打敗他後得到了2號秘傳機器（飛天），繼續下行，在橋上遇到了壹個人，他給了我噴霧劑，能使擋路的變色龍恢復本來的樣子，拿著這個道具再回到ヒワマキツティ鎮的會館，使用這個道具，擋路的變色龍便會現出原形了（最好是收了，變色龍沒野生的）進去後打敗了會館首領，並取得了徽章，有了這個徽章就能在平時使用飛天了。（再也不用辛辛苦苦到處跑東跑西了～要是早有了多好阿～）
通過了120，121道路到達了ミナモシティ市，這裏有最大的百貨大樓，在這裏補充好道具，收集好情報後然後到122號道路中央的小島上，先在島的內部得完所有的道具，然後再到外部去解救被水之團包圍的壹對老夫婦，擊退水之團後老夫婦會送給我壹件道具。然後到カイナシティ市的碼頭，會發現潛水艇被水之團盜走了，於是我追到了ミナモシティ市右邊海灘的上方，發現了水之團的基地，當追到最底部時發現潛水艇已經開走了……郁悶呢～（註意在基地裏可以得到大師球，壹定要仔細找，是4個球放在壹起的，其中兩個是頑皮彈，呵呵） 我通過127，128號水道來到了トクサネシティ鎮，在這裏有第七個會館，這個會館是超人系的，會館的首領是雙胞胎，所以與首領對戰的方式也是2V2，在開戰前壹定要把第二只精靈設定好。在解決他們後會得到超人系徽章，並且可以在平時使用潛水了。
出道館後在鎮的左上方民居裏會得到08號秘傳機器（潛水） 然後到127號，128號水道，看見是深藍色的區域就使用潛水，如果是潛到了ルネシティ鎮就記住位置，先不進去，直到潛到進入壹個山洞後有個潛水艇的地方就對了，進去後裏面回遊大量的水之團成員，壹路打倒不少人後來到最裏面，會發現水之團的首領（藍寶石）或是熔巖團的首領（紅寶石）和傳說中的神獸，紅寶石則是グラードン，藍寶石則是カイオーガ。但因為神獸發怒將整個海底山洞破壞了，神獸也不知去向了，而且天空中也下起了大雨（藍寶石版是下雨，紅寶石版是刮沙塵暴） 隨後趕到ルネシティ鎮，會發現神獸逃到了鎮裏的山洞裏，（好可憐～）在山洞中隨便還拿到了07號秘傳機器（攀瀑布），最後到了洞的最深處，與神獸交戰，大戰壹場後終於將它收入球中，（來吧，我來保護妳～）這時大陸上的天氣也恢復了正常。
出山洞後鎮上的會館也開門了，進去解決掉最後壹個會館，相信有神獸的力量應該是非常簡單的吧~~。打敗首領後得到了最後壹個徽章，並且攀瀑布也能在平時使用了。最後到128號水道，使用攀瀑布サイュウシティ鎮，通過冠軍之路來到了四大天王這裏，這次的四大天王實力不凡，等級高不說，能力都十分的強，（哎～人外有人，天外有天～）第壹次打之前壹定要做好充足的準備，在打完四大天王後會和上屆的冠軍交手，結果沒想到竟然是屢次給我幫助的人（就是給我噴霧劑，有時還給秘傳機器那人，為什麽阿～不忍心下手～）打敗他後我成為新的冠軍，並且把自己的隊伍存入電腦，做為紀念（看到了沒有，這就是公主的實力！）在看完通關畫面後再進入遊戲，在我家裏會得到壹張船票，不過這張船票並不能到以前的世界，而是只能在カイナシティ市，ミナモシティ市，バトルタワ這3個地方來回通行，バトルタワ是通關之後有的新地方，和水晶裏的戰鬥塔是壹樣的，可以用自己LV50或者是LV100以下這兩中等級的精靈與電腦對戰。