中藥化學在中藥質量控制中的作用主要體現在，中藥指紋圖譜中各種色譜法、光譜法、核磁***振波譜、質譜及其聯用技術、DNA分子診斷技術、x射線衍射法等現代分析技術的運用。
中藥指紋圖譜作為整體評價中藥質量的有效控制方法，是目前在國內外廣泛被接受的全面評價中藥質量模式。美國FDA在植物藥制品指導原則中允許申報者提供產品的色譜指紋圖譜資料，德國藥用植物學會、英國草藥典、印度草藥典以及加拿大藥用及芳香植物學會也都把指紋圖譜作為質量控制標準的內容之壹。中藥指紋圖譜按測定手段可分為中藥化學指紋圖譜和中藥生物指紋圖譜。中藥化學指紋圖譜是目前主要常用的方法，尤其是色譜和光譜聯用技術。最常用的光譜是紅外光譜（IR），最常用的色譜是薄層色譜（TLC）、氣相色譜（GC）、高效液相色譜（HPLC）和毛細管電泳（CE），近來又出現了X射線粉末衍射指紋圖譜。
中藥化學研究已滲透到了中藥研究的各個領域，是影響其他學科發展的重要因素。如中藥鑒定學、中藥炮制學、中藥制劑學、中藥分析化學和中藥藥理學等，在當今多學科相互滲透的時代，中藥化學研究是學科間聯系的重要工具和橋梁。