B．診斷方法不同：西醫診斷疾病同樣是建立在科學理論基礎之上，同時需要借助大量的器戒。中醫為四診（望、聞、問、切）和參。藏醫主要通過問診、脈診、尿診來診察疾病。另外還有藥物試診法。從三診診斷得到的印象，加以綜合分析和歸納，從發病原因判斷疾病的性質，從癥狀和體征判斷疾病的類型。
C．治病原則不同：西醫治療疾病時，多註重對生命體征的監測和治療，把疾病“細微化”，對癥處理，或通過手術治療。用藥大量使用抗生素，但是濫用之後對機體會產生依賴和抵抗作用。中醫確定病情後，多綜合調理，但見效較慢，常用於慢性疾病的治療。藏藥在確定病情後，“龍”病治“龍”或者同時調理三大因素。
D．藥物成分有較大差異：西藥多為生物制劑或人工合成制劑，雖然有較高的科學性，但往往會引起很多副作用。藏藥較中藥優點在於藥材的質量，並且藏藥含量有大量礦物質。
E．服用方法不同：西藥多為片劑或針劑，針劑在使用有很大的局限性，並且在成本、時間等方面有較大的不足。中藥多為片劑或湯劑。湯劑在服用時候同樣有很大的局限性。藏藥因為藥品成分奇特，價格昂貴，加工困難，為了便於長期保存，多生產為丸劑，在加工時不得含有任何化學汙染，所以為了讓藥物充分吸收，在服用時，需要含服或者水泡服。較西藥針劑、中藥湯劑或者在藥物毒性方面都有很大優勢。