新農合目錄壹般分級設計，包括村級、鄉鎮級和縣級及以上。不同級別的定點醫療機構使用的藥物目錄範圍有多有少。級別越高，範圍越寬。
按照國家基本藥物制度規劃，很多地方的藥品目錄對屬於國家基本藥物目錄的，補償比例較非國家基本藥物目錄的高。