主要區別是，性質不同、生產及配方組成不同、作用不同，具體如下：
壹、性質不同
1、藥品
根據《中華人民***和國藥品管理法》第二條關於藥品的定義：本法所稱藥品，是指用於預防、治療、診斷人的疾病，有目的地調節人的生理機能並規定有適應癥或者功能主治、用法和用量的物質，包括中藥、化學藥和生物制品等。
2、保健品
GB16740-97《保健（功能）食品通用標準》第3.1條將保健食品定義為：“保健（功能）食品是食品的壹個種類，具有壹般食品的***性，能調節人體的機能，適用於特定人群食用，但不以治療疾病為目的。
二、生產及配方組成不同
1、藥品
藥品的生產能力和技術條件，都要經過國家有關部門嚴格審查，並通過藥理、病理、病毒方面的嚴格檢查及多年的臨床觀察，經有關部門鑒定批準後，方可投入市場。屬於藥品的必然具有確切的療效和適應癥，不良反應明確。
2、保健品
保健品勿需經過醫院臨床實驗，可直接投入市場。保健品無須具有確切的療效和適應癥，不良反應明確。
三、作用不同
1、藥品
預防、治療、診斷人的疾病。
2、保健品
保健品不是藥品，能調理生理功能，但是對治療疾病效果不大。可以用來進行輔助治療。
以上內容參考?百度百科-藥品、百度百科-保健品