下列情況，農村合作醫療不予報銷:
(1)非正常轉上級醫院(到非指定地區就醫而未在參保醫院就醫)；
(2)與疾病無關的費用(如免責條款中提到的美容、整容、種植牙等費用)；
(3)非自身原因的費用(新農合不保障意外傷害，如交通事故、工傷、第三方侵權等)；
(4)違法行為導致人身傷害(如自殘、自殺、靶場、打架等。免責條款中提到)。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法實施細則》第八條參保人員在約定醫療機構發生的醫療費用，符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目和醫療服務設施標準的，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。被保險人確需緊急救治和搶救的，可以在非協議醫療機構就醫；搶救必須使用的藥物範圍可以適當放寬。參保人員急診、搶救醫療服務的具體管理辦法由統籌地區根據當地實際情況制定。