傳統的化學合成工藝沒有生物活性的大分子（蛋白質、核酸等）或微生物的參與，而是通過人工設計的合成路線，以經典的有機反應進行合成的
生物技術的引入主要體現在生物活性分子，如各種酶，參與到合成中，最大的優勢在於反應的選擇性提高、反應條件更溫和、反應速率也有壹定的提高，同時微生物參與的合成則更為便捷，如染色體被修改了的大腸桿菌已經被用於合成藥物，只需要提供含有人工合成的原料的培養液，大腸桿菌體內的各種酶就能利用這些原料來合成藥物
生物藥物是生物制品,藥效比化學藥物的高,同時它的毒副作用較小,而化學藥物它的成本雖然較低,但毒副作用較高,同時用多就會有耐藥性.化學藥物是通過化學反應合成的藥物發 各有優點，生物技術主要是有機合成特別生物活性物質合成如胰島素（現在用細菌轉基因生產），疫苗用動物活體或器官培養，這些化學合成成本高或者幾乎不能合成，但其缺點是反應環境等要求苛刻，而且反應物含有異性蛋白易導致過敏等.但很多藥物都是化學實際反應通過很多步驟合成特點產量大，但副產物多收成率低和汙染環境.生物藥品不需要肝腎代謝是體內活性物質，而化學藥物很多需要肝腎代謝長期應用會損害肝腎.