醫療費用中自費藥品的費用由保險公司承擔。在保險公司不能證明受害人服用的藥物用於治療與事故無關的疾病的情況下，保險公司應當支付受害人因被保險機動車受損所發生的全部醫療費用。
保險公司很難以自費用藥為由拒絕賠償。強制保險和商業第三者責任保險的目的是確保受害人依法獲得賠償。國家為分散損害，妥善處理糾紛，使受害人及時得到賠償，是壹種公益性救濟手段。如果將非國家基本醫保藥品排除在保險賠償範圍之外，風險由參保人和受害者共同承擔，顯然違背了立法初衷。
《最高人民法院關於審理人身損害賠償案件適用法律若幹問題的解釋》第19條規定，“醫療費用應當根據醫療機構出具的醫療費、住院費等收據憑證，結合病歷、診斷證明等相關證據認定。賠償義務人對處理的必要性、合理性有異議的，應當承擔相應的舉證責任。”
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