1、成分不同：辣椒精的成分除含有辣椒辣味成分外，還有辣椒醇、蛋白質、果膠、多糖、辣椒紅色素等百余種復雜的化學物質。天然辣素的成分由十多種辣椒堿化合物組成，其中主要是辣椒堿和二氫辣椒堿。
2、用途不同：將辣椒素噴灑在植物的葉、莖、果實和花朵上，能有效驅除蚜蟲、蜘蛛、食葉昆蟲和跳蚤等。天然辣椒素產品主要用於醫藥開發。
3、來源不同：辣椒素是從辣椒中提取濃縮的產物。天然辣椒素是從茄科植物辣椒的成熟果實中提取的有效成分。