根據《國家稅務總局關於加強免征增值稅貨物專用發票管理的通知》（國稅函2005780號）第壹條的規定，增值稅壹般納稅人銷售免稅貨物，壹律不得開具專用發票（國有糧食購銷企業銷售免稅糧食除外）。
如違反規定開具專用發票的，則對其開具的銷售額依照增值稅適用稅率全額征收增值稅，不得抵扣進項稅額，並按照《中華人民***和國發票管理辦法》及其實施細則的有關規定予以處罰。
因此，對於銷售免稅貨物開具了增值稅專用發票的，除國有糧食企業等特殊情況外，都應計算銷項稅額，同時，購貨方不能抵扣進項稅額，以此作為懲戒。