藥品零差價是指醫療機構或藥店在銷售藥品的過程中，以購入價賣給患者。這些醫療機構或藥店壹般會受到政府的補貼。醫療機構與藥店在出售相同藥品時價格應相同。
制定“藥品零差價”政策的直接目標是為了減少藥品銷售過程中過多的中間流通環節，最終使虛高的藥價降下來。
部分城市的社區醫院藥品零差價的試點應該不會對當地的零售藥店產生巨大的沖擊。
但是兩三年之後，隨著社區醫院藥品零差價的政策在全國範圍內全面展開，在政府的大力支持下，基層社區醫院的軟硬件會不斷完善，肯定會吸引更多的患者在社區就醫，所以從長期來看，壹定會對藥店的零售業務帶來很大的沖擊，零售藥店不得不未雨綢繆。
藥店有品種豐富的優勢，有交通便利的優勢，還有成熟的采購網絡，藥品的采購價壹般也比社區醫院低，不足之處在於其服務能力比較弱。這壹方面可以通過提高從業人員的素質來提升服務水平，另外壹條可行之路是同社區醫院合作，實現優勢互補。
通過研究分析社區醫院的用藥特征，藥店也可以與社區醫院展開錯位競爭，為周邊患者提供社區醫院所沒有而患者又需要的服務和產品。對於部分有實力的藥店，也可以向藥妝、個人護理、健康管理等方向發展，通過業務單元的多元化來增強抵禦風險的能力。