消毒是指對病原微生物的繁殖有致死作用，但不能殺滅芽孢等全部微生物，所以消毒是不徹底的，不能代替滅菌。凡是用來消毒的化學物質都叫消毒劑，所以常稱消毒劑為化學消毒劑。
滅菌是殺死物體中所有活的微生物（包括芽孢），滅菌是利用強烈的物理和化學因素使任何物體內外的所有微生物永遠失去其生長繁殖能力的措施。通常采用物理方法來達到滅菌的目的。
2、處理方法的不同。
滅菌與消毒相比，要求更高，處理難度更大。滅菌必須選用能殺滅耐藥性最強的微生物（細菌芽孢）的物理方法或化學滅菌器。殺菌消毒只需選擇具有壹定殺菌效果的物理方法、化學消毒劑或生物消毒劑。
為消毒而進行殺菌處理是完全沒有必要的，會產生本來不可能出現的副作用；而如果為殺菌而進行消毒處理，又會導致殺菌失敗。
3、應用上的區別。
滅菌主要用於處理進入醫院的人體無菌組織器官的診斷用品和需要滅菌的工業產品。
滅菌用於處理日常生活和工作場所的物品，也用於醫院壹般用物品的處理。