住院及特殊病種門診治療的結算程序：
定點醫療機構於每月10日前，將上月出院患者的費用結算單、住院結算單及有關資料報醫療保險經辦機構，醫療保險經辦機構審核後，作為每月預撥及年終決算的依據；
醫療保險經辦機構每月預撥上月的住院及特殊病種門診治療的統籌費用；
經認定患有特殊疾病的參保人員應到勞動保障部門指定的壹家定點醫療機構就醫購藥，發生的醫藥費用直接記帳，即時結算。
急診結算程序：參保人員因急診搶救到市內非定點的醫療機構及異地醫療機構住院治療，發生的醫療費用，先由個人或單位墊付，急診搶救終結後，憑醫院急診病歷、檢查、化驗報告單、發票、詳細的醫療收費清單等到醫療保險經辦機構按規定辦理報銷手續。