首先，註意不要空腹吃，因為空腹吃會通過胃酸。胃酸會大量破壞這種菌，效果就會大打折扣。
第二，不要同時服用抗生素，至少要間隔3-4小時，因為同時服用抗生素會影響療效。
第三，結合使用兩種或三種益生菌。益生菌包括滅活菌制劑和活菌制劑，同時使用活菌和滅活菌還有利於益生菌在腸道內定植或繁殖。
益生菌主要起到調節腸道、提高免疫力的作用，尤其是調節腸道抵抗力的效果會更好。
在壹定程度上可以更好地改善腸道菌群，平時最好在飯後服用，不僅可以起到助消化的作用，還有助於中和壹些食物的酸性。
吃益生菌往往適用於壹些腸道癥狀，或腹瀉患者，或便秘患者，或因使用廣譜抗生素，腸道菌群失調的表現，尤其是糞便中球菌、桿菌比例異常的檢查。
正常情況下，腸道細菌以桿菌為主，球菌為輔。但是，如果菌群失調，這個比例就會變成球菌占優勢，甚至細菌的數量也會明顯減少，這時候就需要服用益生菌了。