新版GMP中的A、B、C、D級潔凈區與百級、萬級、十萬級之間存在顯著區別，它們在控制方式和標準上有所不同。A、B、C、D級潔凈區區分了靜態和動態條件，而百級、萬級、十萬級則主要基於靜態標準。具體來說：
A級代表動態百級，即在活動狀態下仍需達到百級的清潔度，相當於ISO4.8級。
B級則對應靜態百級，靜態下符合百級標準，動態下可能達到萬級，沒有千級的級別劃分。
C級對應靜態萬級，動態時則符合D級（十萬級）的要求。
D級僅在靜態下有規定，沒有動態要求，通常相當於ISO8級。
這種分級系統與舊版GMP不同，後者采用的是靜態劃分，不考慮動態情況。新版GMP的A級在靜態和動態下都要求高標準，而從B級開始，靜態和動態的潔凈度要求差距逐漸增大。
至於潔凈區的換算，百級對應ISO5，萬級對應ISO7，十萬級對應ISO8。需要註意的是，新版GMP對無菌室和無塵室的A、B、C、D級劃分還有換氣次數的要求，如A級不考慮換氣次數，而B、C、D級則分別對應不同的最低換氣次數。
實施新版GMP，企業可能需要投入資金進行技術改造，包括GMP軟件升級、員工培訓、管理人員增加以及硬件設施的提升，尤其是對於無菌藥品生產，硬件投入更為顯著。具體投資因企業規模和產品特性而異。
總的來說，新版GMP的潔凈區級別劃分不僅考慮了靜態標準，還增加了動態條件，這要求企業在規劃技改資金時需根據自身實際情況做出決策。