中國西南野生生物種質資源庫將收集保存雲南省及周邊地區和青藏高原的種質資源，以植物為主，兼顧動物和微生物。建成後的種質資源庫包括種子庫、植物離體種質庫、DNA庫、微生物種子庫、動物種質庫、信息中心和植物種質資源圃。
該項目建設目標是通過就地保護與遷地保護相結合的方式，以西南地區的野生生物種質資源保護為重點，兼顧周邊地區，重點收集稀有瀕危種、特有種、有重要經濟價值及科學價值的物種，為我國野生生物種質資源的保護、研究、合理開發及利用提供技術支撐條件和決策依據。建立保存野生生物種質資源的科學研究和技術支撐體系、種質資源信息系統和技術支撐體系，成為國際上有重要影響的野生生物種質資源保護設施和科學體系，保障我國的生物戰略資源安全，為生物技術產業和生命科學研究的發展提供種質資源材料和信息的支持。
種質資源將能收集保存約1.9萬種19萬份(株)種質資源。在第壹個5年內達到6450種66500份(株/叢)，在10年至15年內建成國際上有重要影響、亞洲壹流的野生生物種質資源設施和科學體系。