甘肅省食品藥品監督管理局機關行政編制53名。其中：局長1名（副廳級）、副局長3名（正處級）、紀檢組長1名（正處級），處級領導職數21名（含機關黨委專職副書記1名）。
紀檢、監察機構的人員編制和領導職數，按省編辦、省紀委甘機編辦發〔2006〕34號文件規定執行。