關於中藥合劑的沈澱問題，中藥合劑的組成及成分相當復雜，有些成分在加熱時溶於水，但冷卻後又析出沈澱；有些成分相互作用形成復合物，在熱時能溶於水，冷時則逐漸沈澱析出；有些成分經水解、氧化、聚合等化學作用，逐漸變成不溶物析出；還有膠態成分或混懸微粒，經凝聚後也能產生較多的沈澱。所以，中藥合劑的用法指出“用時搖勻”。現在，所采用的凈化處理方法，可使沈澱明顯減少，但有效物質是否可能過濾丟失，值得註意和研究，特別是有效成分或有效部位尚不明確的組方。
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