新菇棚的消毒 大棚可用百菌清、辛硫磷等藥物，壹般用量為1袋百菌清加50克辛硫磷，噴灑30平方米左右，用藥對象為地面、墻壁和立柱等、要求地毯式噴藥，然後封棚，卷起草苫曬棚，封棚2天即可進菌袋或出菇；出菌和出菇期間預防用藥，可每隔5天左右壹次。發菌出菇期間，預防用藥可每隔5天左右噴壹次菇病殺菌靈或無痕除害靈，但註意不要直接噴灑基質。
舊菇棚的消毒 如果菇棚已連續使用多年，棚內難免會有相當數量的雜菌、病原孢子和害蟲，因此對菇棚進行徹底消毒是非常必要的。壹般情況下，可以用1袋百菌清配合40克辛硫磷，地毯式噴灑20平方米左右，然後封棚，卷起草苫曬棚，密封2天後，再次用藥並繼續封閉曬棚，2～7天後，方可裝袋發菌。
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