兩者功能不同。藥品陰涼櫃只能用來儲藏藥品。醫用冰箱的功能更多，可以儲藏的物品也更多。根據型號不同，醫用冰箱可以用來儲藏血液、藥品、醫療標本等。這與兩者的設計是有關的。藥品陰涼櫃最低溫度只能達到零度，常用溫度範圍是零到20℃，屬於陰涼範圍。醫用冰箱根據溫度可以分為0℃到8℃血液保存箱，-25℃低溫保存箱等。
兩者適用範圍不同。藥品陰涼櫃主要應用於各大藥店，藥品生產企業和醫院也常用。醫用冰箱則主要應用於醫院，生物實驗室，藥店用的不多。
除了上述兩個主要不同點之外，藥品陰涼櫃和醫用冰箱在價格上、型號上也有區別，這裏就不再壹壹敘述。