抗生素濫用容易造成嚴重的副作用，其中較為嚴重的是耐藥性、損害臟器、耳聾，而這三種副作用對兒童的危害更大。我國第壹位藥物流行病學博士後、上海市藥品不良反應監測中心技術總監杜文民主任藥師指出，兒童機體的各組織器官發育尚未成熟，功能也不完善，與成人相比，用藥時更易產生不良反應。小兒肝腎功能尚不成熟，肝臟解毒功能弱，腎臟的排泄功能也差，在藥物使用上，不同於成年人。兒童用藥最應慎重使用的首屬氨基糖甙類抗生素，這類抗生素中的鏈黴素、雙氫鏈黴素、慶大黴素、卡那黴素、丁胺卡那黴素、妥布黴素、新黴素等的不良反應表現在對主管聽覺的第八對神經的損害，嚴重時可造成不可逆性耳聾。
另有專家認為，藥品不等於其他商品，不能以價格高低來認定藥品療效的高低，有些患者的家長認為越高級的、越貴的藥效果越好，因此喜歡醫生使用抗生素，最好用“高級”的抗生素，其實這樣的做法是有失偏頗的。從專業角度分析，每種抗生素的抗菌譜不同，用藥不當，輕則達不到療效，對治療不起作用，重則可能會增加藥物的毒副作用，損害身體健康。更何況，目前兒童抗生素的使用存在很大缺陷，醫生把兒童當作按比例縮小的成人，未充分考慮兒童的生理特點，造成兒童用藥成人化現象。這樣，很難避免由此對兒童產生的藥品不良反應。