蘋果醋可以放在低溫冰箱中保存壹周，也可以放在幹燥、低溫、避光的環境中，可以抑制細菌的入侵。但如果已經打開存放，就要擰上蓋子，密封在冰箱裏。壹般未開封的飲料最好盡快飲用。
壹般企業生產的蘋果醋保質期為18個月。常溫下避光保存，如果冷藏食用效果更好。專業生產蘋果醋的廠家生產的蘋果醋，通常使用專門的儲罐，而蘋果醋的不銹鋼儲罐不僅可以耐腐蝕，還可以避免有害氣體和細菌的入侵，對儲存蘋果醋有很好的效果。