1.原料：原料初始菌落總數偏高，或原料在加工過程中消毒不充分或消毒不到位，導致細菌帶入食品，造成菌落總數超標。
2.生產設備和用具：生產設備和用具未定期清洗消毒，或包裝容器在加工前未清洗消毒等，導致細菌在生產過程中大量繁殖，造成菌落總數超標。
3.工作人員：加工人員衛生不達標，如未穿工作服、戴手套、口罩等，或工作人員身體素質較差，如患有腸道疾病等，都會對食品造成汙染，導致菌落總數超標。
4、生產環境造成的二次汙染：生產過程中的環境（如地面、墻壁、天花板、空氣）消毒殺菌不徹底，導致生產過程中細菌大量繁殖，造成菌落總數超標。
5.員工在食品生產、運輸、銷售等各個環節的不正確行為，都可能導致菌落總數超標。
基於上述原因，可采取以下措施降低菌落總數超標的風險：
1.嚴格檢查和消毒原材料，確保原材料的初始菌落總數在可控範圍內。
2.定期對生產設備和用具進行清洗消毒，確保清潔衛生。
3.對加工人員進行嚴格的衛生培訓和健康檢查，確保其衛生狀況符合要求。
4、定期對生產過程中的環境進行消毒殺菌，確保其衛生狀況符合要求。
5.規範和管理各環節員工的行為，避免因員工行為導致細菌菌落總數超標。
通過以上措施的有效實施，可以降低食品菌落總數超標的風險，確保食品的安全衛生質量。