首先，通過專家咨詢，從醫院工作效率、消耗、醫療質量、經營狀況等方面選取具有代表性的指標。效率指標包括:平均住院日、床位使用率、床位周轉率、每醫生年門診人次、人均業務工作量等。消耗指標包括:門診次均費用、住院次均費用、醫療費用占醫療收入的比重、萬元醫療收入的衛生材料支出；質量指標包括:醫院感染發生率、術後感染率、入院三天內確診率、院內外確診符合率、危重病人搶救成功率、基礎護理合格率、治愈率、醫生與衛生技術人員比例、醫生與護士比例等。醫院經營狀況的指標有:人均業務收入、人均人員費用、人員費用占業務費用的比例、業務費用占業務收入的比例、資產負債率、藥品周轉天數。
醫院整體績效的提高與醫院對人力資源的重視程度密切相關，同時還承擔著教育和預防的任務，所以指標中同時包含了預防、教育和科研項目。因為群體的預防任務主要由社區承擔，所以醫院以院內預防為主。
根據醫院的調查數據，對三年內顯著或有明顯變化的指標給予較高權重，從醫院的專業水平、經營狀況、以病人為中心三個方面進行計算。
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