由於硝酸異山梨酯是靜脈註射的，因此不會發生首過代謝。硝酸異山梨酯在體內的半衰期為 1 小時，主要經肝臟代謝為 5-單硝酸異山梨酯（75%-85%）和 2-單硝酸異山梨酯（15%-25%）。這兩種代謝物都具有生物活性，尤其是 5-單硝酸異山梨酯（半衰期約為 5 小時）和 2-單硝酸異山梨酯（半衰期約為 2 小時）。5-mononitrate 異山梨醇酯和 2-mononitrate 異山梨醇酯的消除半衰期分別為 5.1 小時和 3.2 小時。
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