案檸蒎腸溶軟膠囊使用起來是比較安全的，因為其毒副作用是較小的。案檸蒎腸溶軟膠囊的不良反應輕微，只會偶有胃腸道不適及過敏反應，如皮疹、面部浮腫、呼吸困難和循環障礙等。但案檸蒎腸溶軟膠囊宜於餐前半小時，涼開水送服，禁用熱開水;不可打開或嚼破後服用。
對案檸蒎腸溶軟膠囊有過敏情況的應該禁止使用，若為易過敏體質的患者也應該慎用。服用案檸蒎腸溶軟膠囊後應忌食生冷、油膩食物。如正在使用其他藥品，使用該藥品前請咨詢醫師或藥師。
試驗結果表明，案檸蒎腸溶軟膠囊能使小鼠氣管段分泌量增加，改善氣管粘膜纖毛運動，促進呼吸道腺體的分泌作用，並使粘液移動速度增加，有助痰液排出。並能使豚鼠咳嗽潛伏期延長。文獻顯示本品具有抗炎作用，能通過減輕支氣管粘膜腫脹面起到舒張支氣管作用。
案檸蒎腸溶軟膠囊的藥代動力學是：口服給藥後，案檸蒎油中的單萜成分吸收迅速且完全，動物實驗表明口服後1-3小時單萜成分達最大血藥濃度。
通過深入的研究案檸蒎腸溶軟膠囊中的檸檬烯，表明其在大鼠及其它動物和人類很快被代謝，口服給藥後，檸檬烯主要通過動物和人類的尿排泄，約60%在24小時內經尿排泄，5%經糞便排泄，2%經呼出的CO2排泄。